במשך שנים רבות, ליישוב לא היה שטח שיפוט או תוכנית מתאר מפורטת שמכוחה ניתן לאשר בנייה, הבתים בה בנויים חלקם על אדמות פרטיות שידוע מי הם בעלי הקרקע.וחלקם על אדמות מדינה.[4]
במהלך השנים 1974–1976 ערכה תנועת גוש אמונים מספר הפגנות במטרה להקים יישוב בשומרון. בתחילת 1975 נודע לחברי גוש אמונים על כך שצה"ל שכר קבלן להקים גדר סביב י"ב 503 שהוקמה בבעל חצור ואנשי גוש אמונים (גרעין שילה) החליטו על פי הצעה של רחל ינאית בן-צבי[5] לקבל על עצמם את העבודה על מנת ליצור אחיזה באזור. לאחר תחילת העבודות בקשו העובדים רשות ללון במחנה הצבאי הירדני הנטוש שלמרגלות ההר וב-ט' באיירתשל"ה, לאחר קבלת אישור ממתאם הפעולות בשטחים רפאל ורדי ומלשכת שר הביטחון, הם נשארו ללון במבנים הירדניים הנטושים במחנה הצבאי, שהיו למרכז היישוב בשנותיו הראשונות. לאחר הקמת היישוב, הפקיעה מדינת ישראל את החלקות שעליהן נמצא הבסיס הירדני הנטוש, שהליכי הפקעת שטחו החלה עוד על ידי הירדנים, לפני מלחמת ששת הימים.[6]
בשנים הראשונות ביקש היישוב להגשים אידיאלים חברתיים, בנוסף לעצם ההתיישבות בשומרון. המתיישבים החליטו כי ביישוב יגורו 150 משפחות לכל היותר, על מנת ליצור מרקם חברתי הדוק. כמו כן, הקפידו לקלוט ליישוב רק משפחות שבהן לפחות אחד מבני הזוג מוצא את פרנסתו בתוך היישוב וכך התפתחו במקום חקלאות, תעשייה קלה, ומוסדות חינוך.[7] היישוב שימש חממה לצמיחת ירחון המתנחלים נקודה, יצירתו של ישראל הראל, יו"ר מועצת יש"ע הראשון. בנוסף, נקבעו כללים לשמירה על אחידות וצניעות בבנייה ובין השאר הוגבל גובה הבתים ביישוב, כך שקומה שנייה תהיה רק בחלל הגג. עם פרוץ האינתיפאדה הראשונה החליטו בעפרה להתרכז בקליטת תושבים רבים ככל שניתן ועל כן המגבלה על גודל היישוב הוסרה.
ביולי 1978 הוחלט במשרד השיכון על התחלת בניית מבני קבע ביישוב.[8]
בעת כהונת אריאל שרון כשר השיכון הוקמה שורה של בתים דרומית למרכז היישוב, במרחק כ-700 מטרים מהבתים במרכז היישוב. לאחר מספר שנים בהן גרו במקום מספר זוגות צעירים ונוער מהיישוב, נבנתה במקום שכונת "גבעת צבי", שנקראת על שם חלל האינתיפאדה צבי קליין שהיה מבני היישוב. בהמשך נבנו בצמוד לבתי גבעת צבי בתי שכונת "נוה דוד" הנקראת על שמו של דוד גרנית שנפל בקרב בלבנון.
קרקעות במחלוקת
התפתחותה של עפרה נתקלה מראשיתה בקשיים כיוון ששטח ההפקעה של היישוב היה רק כ-200 דונם והקרקעות מסביבה רשומות בטאבו כאדמות פרטיות של ערבים. תוכנית מתאר שהוכנה עבור היישוב בסוף שנות ה-70 לא קודמה בגלל בעיית הבעלות על האדמות.[9]
בשנת 2008 החל דיון ציבורי ומשפטי במעמדן של 12 דונם מאדמות עפרה עליהם נבנו באותו זמן 9 מבני מגורים. באפריל 2008 הודיע השר חיים רמון בישיבה של הוועדה לביקורת המדינה בכנסת שעפרה בנויה ברובה על אדמות פרטיות. ארגוני השמאל יש דין ובצלם טנו כי שישים אחוז מבתי עפרה בנויים על קרקעות פלסטיניות פרטיות.[10] התנועות עתרו לבג"ץ יחד עם 5 פלסטינים שהקרקעות רשומות על שמם בטאבו.[11] קודם לכן ניתן צו של המנהל האזרחי לעצירת הבנייה בשכונה, ולא כובד. המנהל האזרחי קבע שאדמות השכונה החדשה אכן שייכות לתושבים פרטיים. עד להכרעת בג"ץ המשיכה הבנייה בעפרה בקצב מזורז, כולל בשבת (על ידי גויים), על מנת לאכלס את הבתים לפני מתן צו ביניים המונע את אכלוסם.[12] ב-19 ביוני 2008 נתן בג"ץ צו ביניים לעצור את אכלוסם של בתים חדשים ביישוב,[13] אך עוד קודם למתן הצו אוכלסו 8 מתוך הבתים. בפברואר 2015 פסק בית המשפט העליון כי יש להרוס את 9 הבתים בתוך שנתיים, מאחר שנבנו על קרקע פרטית ללא היתר בניה.[14] לאחר מתן פסק הדין הוקם מטה מאבק שפעל למנוע את הריסת הבתים ובין השאר המטה נאבק לחקיקת חוק ההסדרה. לאחר חקיקת החוק, פנו תושבי הבתים לבג"ץ בבקשה לאטום את הבתים במקום להרסם, כדי שניתן יהיה לבחון את האפשרות להסדיר את הבתים על פי חוק ההסדרה. בג"ץ דחה את הבקשה[15] ובסוף פברואר 2017 פונו הבתים והחלה הריסתם.[16]
ב-2007 הוחל בהקמת מתקן טיהור לשפכי עפרה. ב-2011 אסר בג"ץ את הפעלת המתקן שהוקם על קרקע פלסטינית פרטית השייכת לתושבי עין יברוד וסילוואד.[17]
לאחר תום הקפאת הבנייה ביהודה ושומרון, ובעקבות הבג"ץ שהוגש בשנת 2008 נגד בנייה על אדמות פרטיות, הוחל בבניית שכונת מגורים בתוך שטח ההפקעה. הבנייה כללה פינוי בינוי של מבנים ישנים באזור הבסיס הירדני הנטוש. בעקבות עתירה לבג"ץ הוקפאה הבנייה עד לאישור תוכנית מתאר והוצאת היתרי בנייה. בדצמבר 2013, החליטה "ועדת המשנה לתכנון ורישוי" של המנהל האזרחי, להלבין כ-200 בתים בעפרה שנבנו ללא תוכנית מתאר וללא היתרים על אדמות מדינה, ולאפשר בנייה של עוד כ-50 בתים.[18] בעקבות זאת, הושלמה הבנייה בשטח ההפקעה. באמצע שנת 2016, במהלך הדיונים בבג"ץ בעתירה, הודיעה המדינה שהיא הפקיעה בטעות כ-45 דונם שנכללו בחלקות עליהן הוקם הבסיס הירדני, אולם לא נכללו בשטח ההפקעה הירדני המקורי, שכלל חלקי חלקות. על פי הודעת המדינה, בכוונתה לבטל את ההפקעה של שטח זה ולשנות בהתאם את תוכנית המתאר. על פי בדיקה של עיתון הארץ, על שטח זה קיימים בתי קבע ובנייה קלה.[6]
בעקבות האינתיפאדה השנייה הוקמה גדר שחצצה בין היישוב ובין הכפרים סילוואד ועין יברוד. בעקבות פניית תושבי הכפרים על פגיעה בגישה לקרקעותיהם בגלל הגדר, הוחלט בשנת 2011 על הקמת גדר חדשה, קרובה יותר ליישוב עפרה, שתכלול אמצעים אלקטרוניים.[19]
בינואר 2020 דחה בג"ץ עתירה שהוגשה בתחילת 2014 נגד תוכנית המתאר. את העתירה הגישו תושבי הכפרים הסמוכים ליישוב, סילוואד ועין יברוד, בטענה שחלקו ממוקם על קרקע פרטית של פלסטינים. בג"ץ פסק כי ההיבט התכנוני תקין, בהסתמך על תקנת השוק, אך התיר לעותרים לנקוט בהליכים נפרדים בהיבט הקנייני.[20]
גאוגרפיה
היישוב ממוקם מעט מדרום להר בעל חצור, הפסגה הגבוהה ביותר בהרי בנימין והשומרון. האקלים ביישוב הררי וקר בחורף, כולל כמה ימי שלג כמעט בכל שנה, ונוח מאוד בקיץ. שטחי החקלאות משמשים בעיקר לגידול דובדבנים, נקטרינות, גפנים וזיתים. במקום פועלים גם שני יקבי בוטיק 'תניא' ו'ונטורה'.
היישוב יושב על אגן עפרה שהוא אתר קרסט מפותח ומלא (Holokarst) הדרומי ביותר במערב אירואסיה (אירופה-אסיה). שטח האגן הוא 4.3 קמ"ר והוא אחד משני המקומות היחידים בארץ שתופעה זאת נמצאת בה (השנייה ברכס פקיעין). באגן ישנם עשרות בורות קרסטים. ביניהם יש את "הבור הסיני", בור החיילות (המשמש לניקוז מי הגשמים של הישוב), בור הרימונים (שימש לאחסון רימונים גרמנים), ובור רחל (הבור הגדול באגן שנתגלה עד כה). המלח"ם ממשיך לגלות ולחקור בורות נוספים, חלק מהבורות מהווים מוקד תיירות.
היישוב יושב על ציר האורך הראשי (כביש 60) ומתפקד כמעין חוליה מקשרת בין ירושלים לבין יישובי גוש שילה וגב ההר. עיר המחוז של עפרה היא ירושלים ובה עובדים רבים מתושבי היישוב.
בעפרה שיטת בנייה ייחודית - לשם שמירה על אופי אחיד מורחב היישוב בגלים-גלים, כאשר בכל גל נבנית כמות מתוכננת של יחידות דיור בעלות אופי דומה.
לעפרה שירות תחבורה ציבורית סדיר. בעבר שירתה את היישוב חברת אגד, אך כיום מעניקה שירות לתושבי היישוב חברת-הבת, אגד תעבורה. עיקר הקווים ביישוב מעניקים שירות תדיר לירושלים ולאריאל וליישובים שעל ציר 60 המקשר ביניהן, אך קיים גם שירות מצומצם יותר למודיעין ויישובי הסביבה, קדומים ואלון מורה, וקו של חברת אפיקים לאריאל/מעלה אדומים, בהתאמה.
חינוך
ביישוב יש גני ילדים, מעונות, שני בתי ספר יסודיים ממלכתיים דתיים, אחד לבנים ("נחלת בנימין") ואחד לבנות ("חן עפרה"), בית ספר אלטרנטיבי ("לשון לימודים") שבו לומדים ילדים מכלל היישובים בבנימין ובסביבה בגילאי א-ח, מרכז העשרה למחוננים מיישובי בנימין ("דעת"), אולפנה אזורית, ומדרשת "שובה" לבנות וסניף של תנועת בני עקיבא. ביישוב פועלים גם מכון משפטי ארץ למשפט עברי, ובית ספר שדה עפרה. בעבר פעל המלח"ם ביישוב