בשנים 1982–1987 שירת כקצין אמצעים מיוחדים בימ"מ[4], לאחר מכן כמפקד פלוגה במג"ב ירושלים, קצין אג"ם במג"ב ירושלים, סגן מפקד מג"ב ירושלים, מפקד תחנת הבירה, סגן מפקד מחוז ירושלים ומפקד מחוז ש"י.
בדצמבר 2000 מונה למפקד מחוז ירושלים[5]. בימים אלו הייתה האינתיפאדה השנייה בראשיתה, ותקופתו כמפקד המחוז הייתה מהסוערות שעברו על ירושלים. כניצב התמודד לוי עם אירועים רבים, בהם סגירת ה"אוריינט האוס", מהומות בהר הבית, התמודדות עם אלימות רבה במגרשי הכדורגל, מעצרים של בכירים בעולם התחתון, אסון ורסאי. יותר מכול הייתה זו התקופה החמה ביותר של האינתיפאדה שבה שוטרי המחוז התמודדו עם גל טרור חסר תקדים. פיגועי ההתאבדות הרבים שהכו בעיר הציבו את לוי בחזית אל מול התקשורת, מה שהפך אותו לדמות ציבורית אהודה בלב הקוצנזוס. לוי לקה בלבו במהלך אחד הפיגועים, אך לא התפנה לקבלת טיפול רפואי עד שאחרוני הפצועים וההרוגים פונו מזירת האירוע.
בשנת 2003, עם התקרבות מועד החלפתו של המפכ"לשלמה אהרונישקי, סומן לוי כאחד מהמועמדים הבולטים לתפקיד המפכ"ל, שכן היה קצין מוערך מאוד בפיקוד הבכיר של המשטרה ובעל אהדה ציבורית רבה. עם זאת, במהלך מפתיע, מינה השר לביטחון פנים, צחי הנגבי, ניצב צעיר יחסית - משה קראדי - שביקש למנות את לוי לנציג המשטרה בוושינגטון, תפקיד שנתפס כתפקיד האחרון של לוי במשטרה על ידי רבים אז, כולל לוי עצמו. בתפקיד זה הרצה בפני פורומים רבים של שוטרים ושריפיםאמריקאים שביקשו ללמוד מניסיונו בחזית התמודדות המשטרה אל מול טרור. לוי העיד בפני ועדת אור לבדיקת אירועי אוקטובר 2000 כמומחה לשימוש בכדורי גומי, ואף העיד שניסה את ירי כדורי הגומי על עצמו.
ב-18 בפברואר2007 פורסמו מסקנות ועדת זיילר שמתחה, בין היתר, ביקורת חריפה על המפכ"ל קראדי, ומנעה את קידומו של המועמד המוביל להחליפו, ניצב אילן פרנקו. קראדי הודיע על התפטרותו מתפקידו, והשר לביטחון פניםאבי דיכטר, הודיע כי המפכ"ל החדש יהיה יעקב גנות, ועל מינוי של מיקי לוי לסגנו. זאת, אף על פי שעל סגן המפכ"ל, בני קניאק, לא נמתחה ביקורת בדו"ח הוועדה. את החלטתו נימק דיכטר שבעקבות השפל המקצועי והתמידי של המשטרה בעיני הציבור הוא נדרש להעמיד פיקוד אחר למשטרה. בעקבות הסרת מועמדותו של גנות וההחלטה על מינויו של ניצב דודי כהן לתפקיד המפכ"ל, הודיע לוי על הסרת מועמדותו לתפקיד סגן המפכ"ל.
במאי 2013 עורר לוי סערה כשבמהלך ריאיון לרדיו "קול ברמה" קרא לחרדים "טפילים": "אי אפשר להיות טפילים על הציבור הישראלי"[9], באותו היום התנצל לוי מעל בימת הכנסת, ואמר: "בעידנא דריתחא פלטתי הבוקר מילה מיותרת על החרדים"[10].
בבחירות לכנסת העשרים הוצב במקום ה-11 ברשימת המפלגה לכנסת ונבחר לכנסת בשנית לאחר שבבחירות זכתה המפלגה ב-11 מנדטים[11]. במהלכה שימש כחבר בוועדת הכספים, הועדה המסדרת וכן בוועדה למאבק בנגעי הסמים והאלכוהול ועמד בראש חמש שדולות: השדולה לביטחון הפנים, השדולה למען הדורות הבאים, השדולה למען השוטרים, אנשי שירות בתי הסוהר ולוחמי האש בשירות פעיל ובגמלאות, השדולה למען ירושלים והשדולה לחיזוק יישובי אילת והערבה. באותן שנים, שימש כראש קבוצת הידידות הפרלמנטרית בין ישראל למדינות טורקיה, מיקרונזיה וניו זילנד[12].
לקראת הכנסת העשרים ושלוש הוצב במקום ה-22 ברשימת "כחול לבן" ונבחר לקדנציה חמישית בכנסת. לאחר פיצול סיעת "כחול לבן" נשאר חבר בסיעת יש עתיד - תל"ם. בכנסת העשרים ושלוש המשיך לכהן כחבר ועדת הכספים ובוועדת הקורונה. באוקטובר2020, לאחר שהפר מספר פעמים את הגבלות הסגר, הודח על ידי יאיר לפיד מחברותו בוועדה[14]. במהלך הקדנציה, שימש כחבר משלחת הכנסת בארגון לשיתוף פעולה ולפיתוח כלכלי (OECD) וחבר משלחת הכנסת לאספה הפרלמנטרית של הים התיכון PAM[15].
ב-5 בנובמבר 2023 סילק לוי מהוועדה בראשותו את נציגי פורום קהלת תוך שהטיח בהם שהם אשמים בטבח במתקפת הפתע על ישראל[21]. בעקבות זאת ננזף לוי על ידי ועדת האתיקה שהבהירה שהוא אינו מוסמך למנוע כניסת נציגי ארגון כלשהו לוועדה בראשותו[22]. בתחילת ינואר 2024 הצהיר לוי שיש לשחרר את החטופים בכל מחיר, כולל שחרור של 6,000 מחבלים והפסקת הלחימה[23].
חקיקה
בין החוקים שנחקקו ביוזמת לוי לאורך שנות כהונתו כחבר כנסת,
תיקון לחוק איסור נהיגה ברכב בחוף הים (מס' 5) אושר ונכנס לתוקף בפברואר 2016 (יחד עם מיכל רוזין) הקובע כי אם הורשע אדם בעבירה של נהיגה בחוף הים, בית המשפט רשאי בנוסף לכל עונש אחר שקבע, להורות בצו על איסור שימוש ברכב בו נעברה העבירה לתקופה מרבית של 120 ימים. אם החליט בית המשפט לעשות שימוש בסמכות זו, יודיע על כך לרשות הרישוי. בנוסף, החוק מתקן את סעיף 8 לחוק איסור נהיגה ברכב בחוף הים וקובע כי אם היה לשוטר או למפקח יסוד סביר להניח כי אדם נהג ברכב בניגוד לחוק באופן שיש בו כדי לסכן חיי אדם או לגרום פגיעה ניכרת בסביבה, יודיע על כך לקצין משטרה בדרגה שאינה פחותה מפקח, שרשאי, אם יש לו יסוד סביר להניח כי יוגש כתב אישום נגד אותו אדם, למסור לאותו אדם הודעת איסור שימוש ברכב שבו נעברה העברה לתקופה של 30 ימים וליטול את רישיון הרכב[24].
תיקון לחוק עסקאות גופים ציבוריים (מס' 10) אושר ונכנס לתוקף באוגוסט 2016 בו נקבע שבהתקשרות בעסקה למכירת נכס או למתן שירות בין המדינה או גוף מתוקצב ובין ספק שהוא תושב ישראל יועברו חשבוניות, שוברי קבלה, הודעות זיכוי וחשבוניות מס בדרך דיגיטלית בלבד. בתוספת לחוק נקבעו גופים של המדינה או סוגי עסקאות של אותם גופים שלגביהן הכלל האמור לא יחול[25].
תיקון לחוק הבטחת הכנסה (מס' 55) אושר ונכנס לתוקף בינואר 2020 הקובע כי מי שהגיע לגיל פרישה ומבירור התביעה לפי הוראות סעיף 13 נקבע כי הוא זכאי לגמלה לפי הוראות סעיף 2(א)(4) גם בעד תקופה שקדמה לחודש שבו הוגשה תביעתו, תשולם לו הגמלה גם בעד אותה תקופה, אך לא יותר מאשר בעד תקופה של 12 חודשים שקדמו בתכוף לחודש שבו הוגשה התביעה ולא בעד תקופה שבה טרם הגיע לגיל פרישה[26].
חוק להקפאת כספים ששילמה הרשות הפלסטינית בזיקה לטרור מהכספים המועברים אליה מממשלת ישראל (יחד עם אלעזר שטרן ואבי דיכטר) אושר ונכנס לתוקף ביולי 2018 הקובע כי בסוף כל שנה יביא שר הביטחון לאישור הקבינט דו"ח המפרט את סך הכספים ששילמה הרשות הפלסטינית למחבלים ולבני משפחותיהם בשנה שחלפה. בשנה שלאחר מכן, מתוך הכספים שישראל מעבירה לרשות הפלסטינית בהתאם לפרוטוקול פריז, יוקפא בכל חודש סכום בשיעור של 1/12 מהסכום שנקבע בדו"ח של שר הביטחון. רק אם בדו"ח של שר הביטחון ייקבע כי הרשות הפסיקה את התשלומים, יהיה רשאי הקבינט להחליט על העברת הסכום שהצטבר לרשות, כולו או חלקו.