בשנת 1990 החל לעבוד בעיריית בני ברק: תחילה עזר לסגן ראש העירייה אליהו סויסה, ומשנת 1992 ניהל את לשכת ראש העירייה ירחמיאל בויאר. בשנים 1996–1998 עזר למנכ"ל העירייה ולאחר מכן ניהל את אגף החינוך.
לקראת הבחירות הראשונות באלעד, שהתקיימו בספטמבר 2000, עבר אשר לעיר והתמודד בראשות רשימת "חן ביחד" המזוהה עם יהדות התורה, מול ראש המועצה הממונה צוריאל קריספל שהתמודד על התפקיד מטעם ש"ס. אשר זכה ב-914 קולות והפסיד לקריספל שזכה ב-974 קולות[3]. הוא נכנס למועצה וכיהן כממלא מקום ראש המועצה. ראש המועצה ביקש להדיחו מהמועצה בטענה שהוא אינו מתגורר באלעד והוא עובד עבור עיריית בני ברק, אולם הצעד נמנע על ידי בית המשפט[4]. אשר פעל להקצאת מבנים למוסדות המקורבים ליהדות התורה ואף פנה לשם כך מספר פעמים לבית המשפט[5].
בשנת 2003 שב לעיריית בני ברק ונבחר למועצה כנציג הראשון של דגל התורה ברשימה המאוחדת שלה עם אגודת ישראל, "הרשימה התורתית המרכזית"[6], וכיהן כממלא מקום ראש העיר ישכר פרנקנטהל וכממונה על אגף ההנדסה. לקראת הבחירות לעיריית בני ברק בשנת 2008 היה אשר למועמד של דגל התורה לתפקיד ראש העיר, שניתן לדגל התורה מתוקף הסכם רוטציה בין דגל התורה ואגודת ישראל. אשר הוכרז כראש העיר בלא שהתקיימו בחירות, מאחר שהיה המועמד מטעם הרשימה היחידה שהתמודדה, "הרשימה התורתית המרכזית", שכללה נציגים של יהדות התורה, ש"ס והבית היהודי.
לקראת הבחירות לכנסת העשרים הוצב שוב במקום השביעי ברשימה, אך לא נכנס לכנסת כיוון שיהדות התורה קיבלה רק שישה מנדטים ומונה למזכ"ל דגל התורה[7]. ב-24 במאי2016, לאחר הפסקת חברותו בכנסת של סגן שר החינוך מאיר פרוש מהכנסת במסגרת "החוק הנורווגי הקטן" (סעיף 42ג לחוק יסוד: הכנסת), נכנס אשר במקומו. לקראת הבחירות לכנסת העשרים ואחת הוצב במקום השישי ברשימה. רשימת יהדות התורה זכתה בבחירות לשמונה מנדטים והוא נכנס לכנסת ושימש כיושב-ראש סיעת יהדות התורה[8].
משנת 2016 יעקב אשר מכהן כחבר במועצה הציבורית של ארגון נט"ל, המעניק תמיכה וסיוע נפשי לנפגעי טראומה על רקע לאומי[8].