Au cours de sa phase d'entraînement initial à Stettin au sein de la 4. Unterseebootsflottille, l'U-803 subit un assaut aérien le qui cause la mort de cinq membres d'équipage.
Toujours à l'instruction, l'U-803 coule le dans la Mer Baltique près de Swinemünde à la position géographique de 53° 55′ N, 14° 17′ E par une mine.
Neuf membres d'équipage meurent dans ce naufrage, qui laisse trente-cinq survivants.
L'U-Boot est renfloué le et démoli.
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