Bowell est né à Rickinghall (Suffolk, Angleterre). Sa famille émigra de là jusqu'à Belleville, au Haut-Canada, où il fut apprenti au journal local. Il connut le succès en tant qu'imprimeur et éditeur, ainsi qu'un membre éminent de l'ordre d'Orange, ce qui l'en fit le Grand-maître canadien en 1870. Il appartenait aussi à la franc-maçonnerie[1]. En 1847, il épousa Harriet Moore (1829–1884) et ensemble ils eurent quatre fils et cinq filles.
En tant que premier ministre du Canada, Bowell fit face à la dissension dans son parti sur la question controversée des écoles catholiques au Manitoba. En 1890, le Manitoba avait aboli ses commissions scolaires catholiques, contrairement aux dispositions prévues pour les catholiques dans la Loi sur le Manitoba de 1870. Bowell et ses prédécesseurs avaient peiné à trouver une solution au problème. Lorsqu'il décida de créer une nouvelle commission scolaire catholique pour la province en 1896, sept ministres claquèrent la porte du cabinet en guise de protestation. Bowell les dénonça, les qualifiant de « nid de traîtres ». Ils revinrent peu après, mais avec des élections à l'horizon, Bowell consentit à se retirer. Charles Tupper, haut commissaire du Canada à Londres, fut rappelé pour le remplacer.
Mackenzie Bowell avait 93 ans et était toujours sénateur lorsqu'il mourut d'une pneumonie à Belleville. Il est enterré au cimetière de Belleville, en Ontario. Aucun ancien membre ou membre du gouvernement n'assistèrent à ses funérailles, quoiqu'un grand nombre de membres de l'ordre d'Orange y étaient.