Elle accède à la notoriété à la suite de son rôle de l'infirmière Carla Espinosa dans la série télévisée Scrubs (2001-2010), qui lui permet de recevoir deux ALMA Awards de la meilleure actrice ainsi que plusieurs citations pour l'Online Film Critics Society.
Elle confirme avec le rôle de Zoila Diaz dans la série Devious Maids (2013-2016), qui lui vaut plusieurs nominations lors des Imagen Awards, et enchaîne avec celui d'Ann dans la série Claws (2017-...).
Elle s'inscrit au Hunter College à Manhattan, c'est là qu'elle décide de commencer sa carrière d'actrice. Deux de ses sœurs, Fidias et Joselin Reyes, sont également actrices.
Au cinéma, elle participe à plusieurs productions américaines dans des rôles mineurs : en 1998, elle est figurante dans le film de Roland Emmerich, Godzilla.
En 2001, elle obtient un rôle récurrent dans la série Oz. Elle y incarne Tina Rivera, femme d'un gardien s'étant fait arracher les deux yeux par le détenu Alvarez. Elle sera présente surtout dans la troisième saison mais son personnage signe un retour remarqué, lors de la cinquième saison.
Cette même année, elle accède à la notoriété publique grâce à son rôle de l'infirmièreCarla Espinosa, dans la série téléviséeScrubs. Initialement prévue pour n'apparaître que de façon ponctuelle, son personnage prend de l'ampleur et devient l'un des préférés des téléspectateurs[2].
En , lors du tournage de Scrubs, Judy Reyes se fracture le bassin, ce qui entraîne une incapacité de plus de deux semaines, et une réorganisation du tournage pour que l'actrice puisse apparaître dans un maximum d'épisodes[2]. Grâce à son rôle, l'actrice remporte 2 ALMA Awards de la meilleure actrice dans une série télévisée, elle est également nommée à plusieurs reprises pour les Imagen Awards. Après 8 saisons, la série s'arrête en 2010.
Parallèlement au tournage de la série, elle joue dans le téléfilmLa dame de cœur (Our House en version originale), où elle incarne une jeune SDF sauvant une vieille dame d'une tentative de suicide.
En 2012, elle est à l'affiche du téléfilm Enceinte avant la fac qui raconte l'histoire vraie d'une étudiante souhaitant faire barrage aux idées préconçues sur la grossesse chez les adolescents. Le téléfilm est diffusé, à plusieurs reprises, sur la chaîne TF1 et réalise de belles performances[4]. Judy est, une fois de plus, nommée pour le titre de la meilleure actrice grâce à sa prestation lors des Imagen Awards[5].
En 2013, Reyes est choisie pour interpréter Zoila Diaz, dans Devious Maids, nouvelle série de Marc Cherry, devenu populaire grâce à Desperate Housewives. Initialement prévue pour être diffusée sur le réseau ABC, c'est la chaîne Lifetime qui en récupère les droits et lance la production.
Adaptée d'une telenovela mexicaine qui suit le quotidien de femmes de ménage d'origine latine, la série reçoit des critiques majoritairement positives[6] et réalise de belles performances pour la chaîne[7]. Judy est de nouveau nommée pour les Imagen Awards, à deux reprises.
Lors du LA Femme International Festival, qui récompense, chaque année, les femmes présentes dans le milieu du divertissement sous toutes ses formes (cinéma, série télévisée, documentaires, publicités, courts métrages, clips vidéos etc.)[8], Elle est récompensée pour l'ensemble de sa carrière[5].
La série est finalement arrêtée en 2016, après quatre saisons[9].
Elle rejoint aussi la série The Good Wife le temps d'un épisode et travaille à nouveau avec son amie Justina Machado pour la sitcom Au fil des jours. Diffusée sur la plateforme Netflix, la série est saluée par les critiques[10].
En 2017, l'actrice est annoncée au casting principal de la série Claws aux côtés des actrices Niecy Nash, Carrie Preston et Karrueche Tran[11]. Cette "dramédie" se compose d'une première saison de 10 épisodes, diffusés sur la TNT, qui suit le quotidien d'un salon de manucure face au blanchiment d'argent[12]. La série est bien accueillie par la profession, considérée comme l'un des shows à suivre de l'été[13].
Au cinéma, elle obtient un rôle mineur dans le thriller The Circle porté par Emma Watson et Tom Hanks. La diffusion de la première saison de Claws bats des records d'audiences pour la chaîne TNT qui prend la décision de la renouveler pour une seconde saison[14]. L'interprétation de l'actrice y est alors saluée[15]. Dans le même temps, elle poursuit ses apparitions et joue notamment dans Search Party, Succession et Dirty John.
En 2019, elle rejoint la large liste de guest attendue pour la troisième saison de la série comique Better Things[16].
En France, Julie Turin[17] est la voix régulière de Judy Reyes depuis 2002. Ces dernières années, Christine Braconnier[17] suit ponctuellement l'actrice.