Après l'armistice du 22 juin 1940 (pour lequel il fait partie de la délégation française), il est nommé par le maréchal Pétain, le , secrétaire d'Etat à l'Aviation à la place du général Bertrand Pujo. Il restera dans cette fonction jusqu'au retour de Pierre Laval, le , remplacé par le général Jean-François Jannekeyn. Il est alors nommé inspecteur de la défense aérienne du territoire.
Le , le Commissariat général aux questions juives soumet au gouvernement de Vichy son projet de loi modifiant le statut des Juifs d’octobre 1940. Un seul ministère insiste pour que la loi soit plus restrictive : le secrétariat d’État à l’Aviation (SEA). Le , il signale au vice-président du Conseil, qu’à la différence d’autres administrations, le SEA a refusé de donner d’autres emplois aux Juifs privés de leurs postes. Le ministère de l’Air du Reich, dirigé par les généraux Ernst Udet puis Erhard Milch, travaille avec le secrétaire d’État à l’Aviation et le Militärbefelhshaber in Frankreich (MBF), qui supervise l’industrie aéronautique française de zone occupée dont l’action antijuive prend de l’ampleur au début du conflit germano-soviétique, en juin 1941. Bergeret poursuit avec acharnement deux industriels d’origine juive : Marcel Bloch et Paul-Louis Weiller[2].
À la fin de l'année 1943, des poursuites judiciaires sont intentées par le Comité français de Libération nationale d'Alger. Il est arrêté le . Déféré devant la Haute Cour de justice, il est mis en liberté provisoire en , et le non-lieu définitif est rendu le .
Jean Bergeret a eu trois enfants avec Hélène Disle : Anne-Marie, Jean-Pierre et Françoise.
Bibliographie
Claude d'Abzac-Epezy,« Le général Bergeret et l'Armée de l'air de Vichy », Revue historique des armées, 192, 3/1993, pp. 32-43;
Claude d'Abzac-Epezy, « Le secrétariat d’État à l’aviation et la politique d’exclusion des Juifs (1940-1944) », Archives Juives, n°41/1, 1er semestre 2008, pp. 75-90
↑Informations tirées d'un article de Françoise de Ruffray, dans La seconde guerre mondiale, les acteurs, sous la direction de Philippe Masson, Larousse, 1992, page 67.
↑Henry Coston (préf. Philippe Randa), L'Ordre de la Francisque et la révolution nationale, Paris, Déterna, coll. « Documents pour l'histoire », , 172 p. (ISBN2-913044-47-6), p. 23 — première édition en 1987.