Deux des principales cibles japonaises étaient les puits de Miri, à Sarawak, et de Seria, à Brunei. Sarawak ne disposait pas de réelle force armée, malgré la présence d'un contingent britannique et la reformation récente du corps des Sarawak Rangers. En apprenant l'attaque de Pearl Harbor, le gouvernement de Sarawak fit détruire les puits, ainsi que la raffinerie de Lutong.
Le 15 décembre, les troupes japonaises débarquèrent, prenant Miri, Seria et Lutong sans grandes difficultés. Le 16, les Japonais débarquèrent à Kuala Bait, et prirent le contrôle de Brunei en six jours, les Britanniques n'organisant aucune défense en dépit d'accords passés avec le sultanat[2]. Le 31 décembre, les forces commandées par le lieutenant-colonel Watanabe avancèrent sur Labuan et Jesselton, débarquant le 18 janvier à Sandakan, siège de l'administration coloniale. Le gouverneur britannique de Bornéo du Nord ne disposait que de 650 hommes, et dut se rendre le lendemain.
Le 25 décembre, les Japonais prirent l'aérodrome de Kuching, tandis que les troupes alliées faisaient retraite à travers la jungle jusqu'à Singkawang, qui fut prise à son tour le 29. Les troupes britanniques et néerlandaises battirent à nouveau en retraite vers le sud, et l'aérodrome néerlandais de Kotawaringin. La Marine impériale japonaise prit le contrôle du Sud et de l'Est de Kalimantan. Après dix semaines de résistance dans la jungle, les troupes alliées finirent par se rendre le 1er avril.
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