Après le décès de son père, Yoshihide Mori, en 1988, Eisuke Mori reprend le flambeau familial et se lance en politique. Il entre ainsi pour la première fois à la Chambre des représentants lors des élections législatives du , pour la circonscription familiale de l'ancien 3e district de Chiba. Sans cesse réélu depuis lors, il représente, à la suite de la réforme électorale de 1994 et des élections de 1996, le tout nouveau 11e district de Chiba, à savoir la côte sud-est de la péninsule de Boso sur Honshū.
Une lente ascension
Il reste pendant longtemps au second plan de la vie politique japonaise, n'occupant que des responsabilités secondaires au sein du gouvernement (sans être membre du Cabinet) ou du PLD, ou encore en dirigeant certaines commissions parlementaires, notamment spécialisé sur les questions concernant l'organisation et le droit du travail. Il est ainsi vice-ministre parlementaire auprès du ministre du Travail du cabinet de Tomiichi Murayama, à savoir le socialisteManzō Hamamoto, du au . Il redevient vice-ministre de la Santé, du Travail et des Affaires sociales, secondant alors Chikara Sakaguchi, dans le second cabinet dirigé par Jun'ichirō Koizumi du au . Il a de plus présidé la Commission de la Santé, du Travail et des Affaires sociales de la Chambre des représentants de à . Il a enfin occupé à deux reprises la fonction de secrétaire général adjoint du PLD, de 2001 à 2002 et de 2005 à 2006.
Le fidèle de Tarō Asō
Lorsque Tarō Asō, ancien ministre des Affaires étrangères considéré comme un « faucon » en raison de ses positions souvent populistes, nationalistes et parfois agressives à l'encontre de la république populaire de Chine ou de la Corée du Nord, décide de créer sa propre faction pour soutenir sa candidature à la présidence du PLD, le « Groupe de l'action publique » (為公会, Ikōkai?), Eisuke Mori y adhère immédiatement.
Son ascension devient alors indissociable de celle d'Asō et, lorsque ce dernier devient enfin Premier ministre le , il forme un gouvernement essentiellement composé de proches et Eisuke Mori obtient ainsi son premier poste au sein du Cabinet du Japon en tant que ministre de la Justice. L'une de ses premières annonces à ce poste a été de déclarer son soutien à la peine de mort et sa volonté de continuer les exécutions, à l'instar de ses deux prédécesseurs Kunio Hatoyama (désormais ministre des Affaires intérieures) et Okiharu Yasuoka[2]. Et sa principale mission, fixée par le Premier ministre, est alors de continuer à préparer la réforme du système judiciaire japonais entamée lors des gouvernements précédents[3].
Après la défaite de son parti aux élections législatives du (au cours desquelles il est l'un des rares députés libéraux-démocrates à conserver sa circonscription) et le lancement de la réorganisation du PLD sous la conduite de Sadakazu Tanigaki pour en faire la nouvelle principale force d'opposition, il est choisi pour diriger le bureau de la coordination des actions de la division de la stratégie.
Tout comme Aso et de nombreux membres de son cabinet, Eisuke Mori est affilié au très influent et ouvertement révisionniste lobby Nippon Kaigi[4].