Hän oli eräs aktiivisimmista gregoriaanisen reformin edistäjistä erityisesti paavin lähettiläänä Saksassa 1084. Hän oli niiden harvojen joukossa, jotka Gregorius VII nimesi mahdolliseksi seuraajakseen. Gregoriuksen seuraajaksi valittiin aluksi Monte Cassinonapotti Desiderius (paavina Victor III), mutta hänen lyhyen kautensa jälkeen Otto valittiin paaviksi maaliskuussa ilman virallista äänestystä Terracinassa järjestetyssä pienessä kardinaalien ja joidenkin kirkon ylimpien henkilöiden kokouksessa. Hän jatkoi Gregorius VII:n politiikkaa, mutta päättäväisyydestään huolimatta hän osoitti suurempaa joustavuutta ja diplomaattista hienovaraisuutta. Alussa hänen täytyi ottaa huomioon voimakkaan vastapaavin, Klemens III:n, läsnäolo Roomassa. Roomassa, Amalfissa, Beneventossa ja Troiassa järjestetyissä kirkolliskokouksia, joissa oli paljon osallistujia, hän sai tukea uudistetuille julistuksille simoniaa, maallikkoinvestituuraa, kirkonmiesten avioliittoa ja Pyhän saksalais-roomalaisen keisarikunnan keisari Henrik IV:tä vastaan.
Henrik IV:tä vastustavan politiikan mukaisesti Urbanus edisti Toscanan kreivitär Matildan ja Guelph Baijerilaisen välistä avioliittoa, tuki prinssi Konradia kapinassa isäänsä Henrik IV:tä vastaan ja kruunasi Konradin roomalaisten kuninkaaksi Milanossa sekä rohkaisi keisarinnaa tämän miehen vastaisisiin syytöksiin. Urban II oli voittoisa myös pitkässä taistelussaan Ranskan kuningas Filip I:tä vastaan.
Urbanus on tunnetuin siitä, että hän aloitti ensimmäisen ristiretken.
Ristiretki sai alkunsa Piacenzan kirkolliskokouksessa maaliskuussa 1095, jolloin Urbanus otti vastaan lähettilään Bysantin keisari Aleksios I Komnenokselta, joka pyysi apua taistelussa muslimeja vastaan. Asiaa varten järjestettiin kirkolliskokous, johon osallistui niin monia Italian, Ranskan ja Burgundin piispoja, että kokous piti pitää ulkoilmassa. Clermontin kirkolliskokouksessa marraskuussa samana vuonna Urbanus piti yhden Euroopan historian tehokkaimmista puheista, kun hän kehotti ranskalaisia vapauttamaan Pyhän maan turkkilaisten vallasta. Hän sanoi, että Ranska oli jo ylikansoitettu, mutta Pyhässä maassa virtasi maitoa ja hunajaa. Hän pyysi ranskalaisia tarttumaan miekkaansa Jumalan puolesta, ja kokous vastasi: ”Dieu le veult!” (Jumala tahtoo niin!).
Urbanus kuoli 29. heinäkuuta 1099, 14 päivää sen jälkeen kun ristiretkiläiset olivat vallanneet Jerusalemin. Tieto valloituksesta ei ollut kuitenkaan vielä saavuttanut Italiaa.
Urbanus ja Sisilia
Ristiretkiä hienovaraisempi mutta pitkällä aikavälillä huomattavasti onnistuneempi Urbanuksen päämäärä oli liittää Campania ja Sisilia tiukasti katolisen kirkon piiriin. Sukupolvien ajan ne olivat olleet Bysantin ja arabien hallussa. Hänen oikea kätensä Sisilian rajamailla oli normannihallitsijaRoger I. Vuonna 1098 Urbanus antoi Rogerille poikkeuksellisen suuria etuoikeuksia, joista osa oli samoja, joita hän kielsi hallitsijoilta muualla Euroopassa. Roger sai oikeuden nimittää piispoja (maallikkoinvestituura), kerätä kirkon tuotot ja välittää ne eteenpäin paaville (houkutteleva välikäden asema) ja antaa tuomioita kirkollisissa asioissa. Roger oli käytännössä paavin lähettiläs Sisiliassa. Palauttaessaan Sisiliaa kristityille, alueella tarvittiin uusia kirkon työntekijöitä. Rogerin lombardialainen puoliso Adelaide toi uudisasukkaita Pojoen laaksosta. Urbanuksesta vaikutti turvalliselta antaa Rogerille näitä oikeuksia, koska hän oli sotapäällikkö ja alamainen Apulian kreiville, joka vuorostaan oli Rooman alaisuudessa. 1200-luvulla paavit joutuivat kuitenkin vastakkain Rogerin perillisten Hohenstaufin suvun kanssa.
Lähteet
Hanska, Jussi: Kristuksen sijaiset maan päällä? Paaviuden historiaa apostoli Paavalista Johannes Paavali toiseen. Helsinki: Suomalaisen Kirjallisuuden Seura, 2005. ISBN 951-746-719-2