Kansallissosialistien noustua valtaan Backe nimitettiin heinäkuussa 1933 Saksan elintarvike- ja maatalousministeriön valtakunnankomissaariksi ja lokakuussa 1933 ministeriön valtiosihteeriksi.[1] Hän oli ministeri Richard Walther Darrén läheinen apulainen.[2] Vuonna 1936 Backesta tuli nelivuotissuunnitelman elintarvikeryhmän johtaja. Hän pyrki tehostamaan Saksan maataloustuotantoa.[1]
Saksan valmistellessa toisen maailmansodan aikana hyökkäystä Neuvostoliittoon Backe laati suunnitelman, jonka mukaan Saksan ja sen armeijan ruokahuolto turvattaisiin takavarikoimalla elintarvikkeet Neuvostoliitolta valloitettavilta alueilta ja näännyttämällä nälkään 30 miljoonaa Neuvostoliiton asukasta, erityisesti suurkaupunkien asukkaat. Backen nälkäsuunnitelma oli tärkeä osa Wehrmachtin sotasuunnitelmaa, mutta sen toimeenpano epäonnistui lähes täydellisesti, sillä Ukrainan maataloustuotanto oli romahtanut ja Saksan armeija tarvitsi miehitetyn alueen asukkaita työvoimana. Silti miljoonia neuvostoliittolaisia nälkiinnytettiin kuoliaaksi, mukaan lukien enemmistö sotavangeista.[3] Backe nimitettiin elintarvikeministeriksi Darrén syrjäyttämisen jälkeen vuonna 1942. Hän jatkoi ministerinä vielä Dönitzin hallituksessa vuonna 1945.[1]