دلباختگی او به ایران و به‌ویژه رخسارهٔ زرتشتی آن، آنگاه اوج گرفت که سال ۱۹۶۶ را در روستاهای زرتشتی‌نشین اطراف یزد، با کشاورزان تنگدست اما عمیقاً معتقد و متعصب در آیین خود به سر برد. پس از این اقامت یک ساله بود که نظریاتش دربارهٔ این دین زیر و زبر گشت. اقامت در میان زرتشتیان یزد و کرمان سبب شد تا آراء و نظریات اکثریت قریب به اتفاق پژوهشگران را در زمینه کیش زرتشت زیر سؤال برد. مری بویس این پرسش را مطرح ساخت:
«سه هزار و اندی سال پس از زرتشت، چه کسی صلاحیت بیشتر در تعبیر و تفسیر و شرح باورها و آموزه‌های زرتشت را دارد؟ پژوهشگران و دانشمندانی که در صندلی‌های راحت کتابخانه‌های خود لم داده و بر سر جزئیات دستوری گاتها و نیایش‌ها و دیگر ادبیات دینی زرتشتی قلم فرسایی می‌کنند، یا آن کشاورز قبا بر تن زرتشتی که در کوه‌ها و بیابان‌های خشک اطراف یزد و کرمان بیل می‌زند و کار می‌کند و عرق می‌چکاند و نیایش‌های زرتشت را زمزمه کرده و سفت و سخت، سنت‌ها و آیین‌های دین آبا و اجدادی خود را نگهبانی می‌کند؟»
او بر آن بود که تنها با خواندن کتاب و مقاله نمی‌توان به چند و چون این کیش پی برد. او توانست با ژرف‌نگری در آیین‌ها و رسوم و باورها، که از سه هزار سال پیش تاکنون دست نخورده بود، به جزئیات زندگانی این پیامبر ایرانی و آموزه‌های او، حتی عقاید دینی پیش از ظهور زرتشت دسترسی پیدا کند. او نتیجه پژوهش‌های خود را در کتاب پایگاه ایرانی کیش زرتشت[۱] در سال ۱۹۷۸ عرضه نمود. کار بزرگ او مجموعه کتاب‌های تاریخ کیش زرتشت است که به اکثر زبان‌ها از جمله زبان پارسی برگردانده شده‌است.[۲][۳][۴]
مرگ مجال نداد که مری این کتاب را به پایان برد ولی خوشبختانه پیش از مرگ با آلبرت دو یونگ استاد دانشگاه لیدن به توافق رسید که کار به انجام رساندن را به عهده گیرد.
پروفسور مری بویس اعتقاد داشت که نیازها و محدودیت‌های ناشی از تحقیق و پژوهش علمی با وظایف خانوادگی سازگار نیست بنا بر این از ازدواج پرهیز کرد و به قول خویش وفاداری و یکه‌پرستی به علم و پژوهش علمی را به غریزه و طبیعت خویش ترجیح داد. او چنان دلباخته ایران‌شناسی و کیش زرتشت بود که تمام دارایی و پس‌انداز خود را بی هیچ چشمداشتی در این راه صرف کرد.
صنعتی، همایون. (۱۳۸۵). دلباخته ایران و کیش زرتشت. مجله فرهنگی و هنری بخارا، شماره ۵۰، صص ۱۰۵–۹۲.
↑Boyce, Mary (1978), Persian Stronghold of Zoroastrianism (به انگلیسی) (Ratanbai Katrak lectures ed.), انتشارات دانشگاه آکسفورد, p. 300{{citation}}: نگهداری یادکرد:نام‌های متعدد:فهرست نویسندگان (link)
↑Boyce, Mary (1996), A History of Zoroastrianism: The Early Period Vol 1 (به انگلیسی) (Handbook of Oriental Studies ed.), Brill{{citation}}: نگهداری یادکرد:نام‌های متعدد:فهرست نویسندگان (link)
↑Boyce, Mary (1975), A history of Zoroastrianism (به انگلیسی) (Handbuch der Orientalistik. Abt. 1, Der Nahe und der Mittlere Osten ed.), Brill{{citation}}: نگهداری یادکرد:نام‌های متعدد:فهرست نویسندگان (link)
↑Boyce, Mary (1991), A History of Zoroastrianism: Under Macedonian and Roman Rule v. 3 (به انگلیسی), F. Grenet (Handbook of Oriental Studies ed.), Brill{{citation}}: نگهداری یادکرد:نام‌های متعدد:فهرست نویسندگان (link)
