1565年，原本擔任仁蚌巴手下官員的辛厦巴·才旦多吉起兵造反，先後佔據了香、八囊倫珠孜、帕日等宗管轄的地域。一年後，辛廈巴的勢力範圍已囊括后藏的大部分地区。他自稱為「藏巴加波」（藏語：གཙང་པ་རྒྱ་པོ་，威利转写：gtsang pa rgyal po，「藏巴」即今日喀則地區；「加波」是國王的意思）。1613年，辛廈巴的後繼者彭措南杰控制了阿里地區，同時兼併四周的弱小部落。在宗教信仰上，彭措南杰崇信藏傳佛教噶瑪噶舉派，曾經兩次因為宗教糾紛而出兵攻打信仰主巴噶舉派的不丹，給活佛噶瑪巴封上「衛藏之主」的印信，但卻仇視新興的格魯派。1617年，喀爾喀蒙古衛地信仰格魯派的信徒組成聯軍企圖攻打藏巴汗。
