На початку 1990-х років масово виводились війська із ліквідованих груп радянських військ закордоном. Бригада була виведена в Московський військовий округ.
23 червня 2014 року колона 53-ї бригади покинула пункт постійної дислокації у Курську і до 25 червня прибула до МіллеровоРостовської обл.[5] 17 липня установку «Бук» бригади провезли за маршрутом Донецьк—Сніжне. Установка була вивантажена з трейлера і доїхала своїм ходом до поля на південь від Сніжного, де приблизно о 16:20 вечора випустила ракету «земля-повітря», що збила пасажирський літак Boeing 777 рейсу MH17 Малайзійських Авіаліній. Вранці 18 липня ракетну установку «Бук» провезли по Луганську і далі вона перетнула кордон з Україною, повернувшись до Росії.[3]
23 лютого 2016 року група Bellingcat оприлюднила розслідування, в якому було озвучено командну вертикаль — імена командирів, відповідальних за збиття пасажирського лайнера, — від президента РФ Володимира Путіна до командувача бригадою Сергія Мучкаєва. Окрім них, було встановлено коло військовослужбовців бригади, що могли безпосередню брати участь у виконанні наказу: командир 2-го батальйону, 3 командири батарей та 10 командирів установок «Бук». Особи цих військовослужбовців у розслідуванні тримаються прихованими.[6][7]
24 травня 2018 року міжнародна Спільна слідча група оголосила, що літак рейсу МН17 було збито російським ЗРК «Бук» із 53-ї курської бригади ППО ЗС РФ.[8]
