Як один із найближчих соратників короля, Малаховський вирізнявся працьовитістю та вірністю. За дорученням короля він приймав омаж від прусських міст, а 1678 року провів люстрацію муніципальних маєтків Ґданська та Торуня. Під час сеймових засідань, як сенатор, працював над збереженням згоди в країні[11]. У Хелмінській дієцезії він провів візитації костелів та оголосив ״Decretum ordinationis generalia". Він також створив окремий фонд для навернених з лютеранства та кальвінізму, відновив семінарію, яка не діяла з часів «потопу», значно підвищивши її утримання та передавши її Конгрегації місіонерів Святого Вінсента де Поля з Варшави[13].
Будівля костелу святого Франциска Сальського у Кракові
Як краківський єпископ, Малаховський гаряче підтримував плани війни з Османською імперією та союзу з цісарем. 1683 року від імені сеймових станів Речі Посполитої він вів переговори з імперським посланцем Вальдштейном і папськими нунціями про фінансові субсидії, а потім про участь поляків в антитурецькій лізі, створеній папою Інокентієм XI та імператором Леопольдом I. За переконаннями Малаховський, як і всі польські єпископи, був прогабсбурзької орієнтації, однак він не покинув короля, коли той намагався після невдалих походів на Молдавію та Україну зблизитися з Людовіком XIV і за допомогою Франції покласти край війні з Османською імперією, хоча інші єпископи, побоюючись папи, стримано ставилися до цих планів, і Малаховський мусив зважати на їхню позицію. Певною мірою заслугою Малаховського була відмова короля від профранцузької політики та повернення до союзу з Габсбургами. Для віденської експедиції Малаховський вислав королю піхотний підрозділ з 300 чоловік з району міста Мушини, та гусарську хоругву під керівництвом свого племінника Станіслава[pl], і взяв на себе всі витрати на відновлення укріплень Кракова та постачання міста. Він вшанував віденців пам'ятною дошкою (біля каплиці Сигізмунда) у Вавельському соборі. Під час бурхливих сеймових засідань наприкінці правління Яна III він намагався ліквідувати конфлікти між прихильниками Сапєг і антисапєгівською опозицією[11]. Гучною була участь Малаховського у пом'якшенні суперечок на сеймі 1688 року між Юзефом Богуславом Слушкою та сапежинським слугою Казімєжем Станіславом Домбровським[pl], або на сеймі 1695 року між Сапєгами та Кришпінами-Кіршенштейнами. Він також вимагав покарання за розпалювання бунту в костелах під час проведення в них сеймиків. У період міжкоролів'я після смерті Яна III, єпископ власним коштом направив 500 вояків для підтримання спокою у Кракові[15].
Будучи краківським єпископом, Ян Малаховський реформував духовну семінарію, передавши її під опіку Конгрегації місіонерів Святого Вінсента де Поля. Малаховський переселив цей орден, що мав головний осідок у Франції, до Кракова 1682 року з Варшави, поселив на Страдомі та надав їм управління деякими селами з навколишніх церковних маєтків. Він також привіз до Кракова з Франції орден сестер візитанток, яким протягом 1682–1695 років фінансував побудову костелу і кляштору. З власних коштів відремонтував оборонні укріплення Кракова. 1690 року завершив беатифікаціюкнягині Кінги. 1697 року був електором Августа II Сильного від Краківського воєводства[16].
Помер Ян Малаховський 20 серпня1699 у Кракові, був похований у Вавельській катедрі, серце його було поховане у краківському костелі візитанток[17].
Фундатор і меценат
Єпископський палац у КраковіКостел навернення святого Павла у Кракові
Єпископ Малаховський у своєму заповіті виділив Краківській капітулі 100 000 злотих, єзуїтам — 10 000 злотих і 80 000 злотих призначалися для підданих у єпископських маєтках, які не мали грошей, щоб сплатити свої гіберни (тобто податок на церковне майно для зимових квартир для армії). Він пожертвував цінні гобелени частково краківським домініканцям, частково Вавельському собору. Жезл єпископа Малаховського донині зберігається в катедральній скарбниці. Він також був щедрим до своєї родини, сприяв кар'єрі свого племінника Станіслава. Коли 1695 року у останнього, що на той час був воєводоюкаліським, народився син, він одразу ж заповів дитині 100 000 злотих[13].
↑ абвгдеKazimierz Przyboś, Jan Małachowski herbu Nałęcz (1623—1699), Biskup Krakowski, właścicial państwa Muszyńskiego [w:] Almanach Muszyny. — [R. 13], (2003), s. 43.
↑Przyjaciel Chrześciańskiey Prawdy. Czasopismo teologiczne dla oświecenia i zbudowania kapłanów nayprzód, a potem katolickich chrześcian. 1839 Przemyśl R.VII z.II, s. 91.
↑Urzędnicy dawnej Rzeczypospolitej XII—XVIII wieku: spisy. T. X, Urzędnicy centralni i nadworni Polski XIV—XVIII wieku: spisy / pod red. Antoniego Gąsiorowskiego ; oprac. Krzysztof Chłapowski [et al] ; Polska Akademia Nauk. Biblioteka Kórnicka. Instytut Historii. Kórnik: Biblioteka Kórnicka, 1992, s. 138.
↑Wacław Uruszczak, Fakcje senatorskie w sierpniu 1668 roku, w: Parlament, prawo, ludzie, studia ofiarowane profesorowi Juliuszowi Bardachowi w sześćiesięciolecie pracy twórczej, Warszawa 1996, s. 317.
↑Porządek na seymie Walnym Electiey. Między Warszawą a Wolą przez opisane artykuły do samego tylko aktu Elekcyey należące uchwalony y postanowiony, roku […] 1669 [słow.] dnia wtorego […] maia, s.C.
↑Porządek Na Seymie Walnym Elekcyey Między Warszawą a Wolą, przez opisane Artykuły do samego tylko Aktu Elekcyey należące, uchwalony y postanowiony, Roku Pańskiego Tysiąc Szesc Set Siedmdziesiat Czwartego, dnia Dwudziestego Miesiaca Kwietnia., s. 29.
↑ абвгKazimierz Przyboś, Jan Małachowski herbu Nałęcz (1623—1699), Biskup Krakowski, właścicial państwa Muszyńskiego [w:] Almanach Muszyny. — [R. 13], (2003), s. 44.
↑Urzędnicy dawnej Rzeczypospolitej XII—XVIII wieku: spisy. T. X, Urzędnicy centralni i nadworni Polski XIV—XVIII wieku: spisy / pod red. Antoniego Gąsiorowskiego ; oprac. Krzysztof Chłapowski [et al] ; Polska Akademia Nauk. Biblioteka Kórnicka. Instytut Historii. Kórnik: Biblioteka Kórnicka, 1992, s. 113.
↑ абKazimierz Przyboś, Jan Małachowski herbu Nałęcz (1623—1699), Biskup Krakowski, właścicial państwa Muszyńskiego [w:] Almanach Muszyny. — [R. 13], (2003), s. 45.
↑Kazimierz Przyboś, Jan Małachowski herbu Nałęcz (1623—1699), Biskup Krakowski, właścicial państwa Muszyńskiego [w:] Almanach Muszyny. — [R. 13], (2003), ss. 44-45.
↑Suffragia województw i ziem koronnych i W.X. Litewskiego zgodnie na […] Augusta II obranego króla polskiego […] dnia 27 VI i przy poparciu wolnej elekcjej jego […], s. 4.
↑Mieczysław Czuma, Leszek Mazan: Poczet serc polskich. Kraków: Oficyna Wydawnicza Anabasis, 2005, s. 126. ISBN 83-85931-15-5.
↑Adam Małkiewicz, Niezrealizowany project Krakowskiego kościóła misjonarzy na Stradomiu i jego domniemany autor. Przyczynek do działalności architektów dyletantów w Krakowie w epoce Baroku [w:] Rocznik Krakowski. T. 75 (2009), s. 77.
↑Adam Małkiewicz, Niezrealizowany project Krakowskiego kościóła misjonarzy na Stradomiu i jego domniemany autor. Przyczynek do działalności architektów dyletantów w Krakowie w epoce Baroku [w:] Rocznik Krakowski. T. 75 (2009), s. 71.