Комплекс заповідника в основному був створений до 1914 року. У 1912 році на острів Журавлиха перенесли з села Острова дерев'яну церкву св. Михайла, пам'ятку XVII ст.
У 1910-1914 роках в пам'ять про полеглих козаків була побудована церква-меморіал св. Георгія Переможця. Унікальність храму полягає в тому, що в ньому є три престоли, які розташовані один над одним. В нижньому ярусі будівлі церкви розміщений саркофаг із кістками козаків. В цей же час споруджено приміщення для монастирського скита — тепер це приміщення музею. У народі це місце назвали «Козацькі Могили».
Заповідник створений у 1966 році як музей-заповідник «Козацькі могили». У 1980-1990-ті роки під керівництвом доктора історичних наук Ігоря Свєшнікова виконано великий обсяг археологічних досліджень козацької переправи, що дозволило поповнити фонди музею унікальними знахідками.
У 1991 році урочисто відкрито пам'ятник козакам та селянам-повстанцям скульптора Анатолія Куща. В тому ж році заповідник отримав статус державного.
У 2008 році заповідник отримав статус національного.[1]
Директори заповідника
Галабуз Леонід Сергійович
Склад заповідника
На території заповідника «Поле Берестецької битви» розташовані такі пам'ятки:
Михайлівська церква XVII ст. в якій, за переказами, бували Б. Хмельницький, Іван Богун та інші козацькі полководці.
Церква св. Георгія Переможця. Побудована на початку XX ст., з розписами Івана Їжакевича та інших майстрів. У нижньому ярусі — саркофаг з козацькими кістками, до нього веде підземний перехід з Михайлівської церкви.
Урочище Монастирщина — козацьке кладовище XVII ст.
Урочище Гайок — місце бою трьохсот козаків, які прикривали відхід війська.
Урочище Козакова Яма — місце загибелі останнього оборонця важливого рубежу.
Урочище Козацька Переправа — місце переправи козацького війська через річку Пляшівку, об'єкт багаторічних археологічних досліджень.
Урочище в с. Острові, де стояла Михайлівська церква в XVII ст. і біля якої був похований духівник війська Б. Хмельницького — константинопольський посланець Йоасаф.
Музей заповідника експонує унікальні археологічні знахідки часів Берестецької битви 1651 року. Музей працює щоденно з 9 до 18 год., без вихідних та перерв на обід.[2].
Під час розкопок знайдені кістки загиблих донських козаків[3] які воювали на стороні Запорозької січі (можливо донський курень).
