З моменту заснування до березня 2003 року партію очолювала народний депутат трьох скликань Ярослава Стецько. Після її смерті лідером партії став Олексій Івченко, екс-голова компанії «Нафтогаз України». З 2010 року партію очолює Степан Брацюнь. У 2013 році він був переобраний головою партії.
Національна політика. Повернення на рідну землю етнічних українців та їхніх родин, графа «національність» у паспорті, офіційне визнання на державному рівні ОУН-УПА воюючою стороною і надання всім учасникам національно-визвольної боротьби статусу учасника бойових дій, захист прав етнічних українців за кордоном. Конгрес виступає проти домінування прав національних меншин над правами корінної Української Нації.
Економічна політика. Соціально-ринкова модель економіки України, економічний протекціонізм вітчизняного виробника, обмеження монополізму та створення здорової конкуренції, оптимальне поєднання державного, приватного та колективного секторів.[5]
17-18 жовтня 1992 року в Києві відбулася Конференція Українських Націоналістів, яка одночасно стала Установчим збором Конгресу Українських Націоналістів (КУН).
Партія офіційно зареєстрована 26 січня 1993 р. Міністерством юстиції України та стала 11-ю політичною партією в Україні у списку зареєстрованих.
Перший збір КУН відбувся 2-4 серпня 1993 р . в Києві ( близько 400 делегатів від 5070 членів партії ). Головою Проводу обрана Слава Стецько, заступникам голови Проводу стали Богдан Павлів і Роман Зварич. Головою Секретаріяту обраний Сергій Жижко.
Також обрані члени Секретаріяту (на той час - керівного органу КУН): Петро Дужий , Михайло Зеленчук , Орест Дичківський , Василь Олеськів , Микола Яковина , Омелян Кушпета , Ярослав Сватко , Ігор Деркач , Омелян Коваль , Роман Костюк Микола Боринський , Марія Олійник , Михайло Ратушний , Роман Круцик , Мирослав Панчук , Мелетій Семенюк , Михайло Гутор, Олександер Нарбут , Олександер Черненко , Євген Вакула , Микола Козак , Валерій Бондар , Микола Матвіївський, згодом до них додалися Геннадій Сіренко, Іван Губка, Іван Білас, Сергій Квіт, Тарас Процев'ят, та інші.
При Проводі КУН утворені Контрольна комісія (голова - Роман Шрамов'ят, заступники - Анатолій Кіндратенко і Микола Рідкун), та Етична комісія (голова - Петро Касінчук , заступники: Дарія Гусяк і Богдан Павлів).
Як правило, засновниками перших регіональних осередків КУН стали колишні учасники національно-визвольної боротьби УПА. Так, Львівську організацію заснував та очолив Губка Іван Миколайович (1932-2014), Волинську організацію - Семенюк Мелетій Федорович (1923-2004, останій раніше, у 1989 р. очолив Волинське братство ОУН - УПА ім . Клима Савура), а також правозахисники: Круцик Роман Миколайович (голова Івано-Франківської обласної організації), Матковський Олег Богданович - голова Рівненської обласної організації, Олійник Марія Василівна - голова Донецької обласної організації, Михайло Перегінчук - голова Одеської обласної організації, Микола Рідкун - голова Херсонської обласної організації, Ольга Різниченко - голова Харківської обласної організації, Геннадій Сіренко - голова Хмельницької обласної організації, Анатолій Пронченко - голова Закарпатської обласної організації, Леонід Ковальчук - голова Київської міської та обласної організації, та інші.
При КУН створена спортивно-виховна спільнота "Тризуб (організація)", яка пізніше виокремилась у самостійну незалежну від КУН та від ОУН (революційної) структуру.
На парламентських виборах 27 березня 1994 р. Конгрес провів у Верховну раду II скликання 5 депутатів (трьох від Львівської, одного від Івано-Франківської і одного від Тернопільської області). У 1997 р. до парламенту обрано голову партії Ярославу Стецько.
Другий збір КУН відбувся 2-3 вересня 1995 року. На ньому голова секретаріату КУН Жижко перейшов на посаду заступника голови КУН, а новим головою секретаріату обраний Геннадій Сіренко. Членами Головного проводу, крім С. Стецько та С. Жижко, також Богдан Павлів, Роман Круцик - голова Івано-Франківської організації КУН, Володимир Борейчук - голова Хмельницької організації КУН, Іван Гавдида - голова Тернопільської організації КУН, Сергій Квіт - головний редактор журналу "Українські проблеми", Микола Кузів - керівник Української інформаційної служби, та інші. Нову Контрольну комісію КУН очолив Мирослав Мельник, його заступником став Орест Васкул. Етичну комісію очолив Мирослав Панчук. заступником стала Дарія Гусяк.
На парламентських виборах 29 березня 1998 р. Конгрес виступав у блоці «Національний фронт», що набрав 2,71 % і не потрапив до парламенту, провів у Верховну раду III скликання 3 депутатів по одномандатних округах (двох від Івано-Франківської та одного від Тернопільської області).
На парламентських виборах 31 березня 2002-го виступав у блоці «Наша Україна» і провів у Верховну раду IV скликання 3 депутатів.
На парламентських виборах 26 березня 2006 р. також виступав у блоці «Наша Україна» і провів у Верховну раду V скликання 3 депутатів. В кінці 2006 р. Генеральний прокурор відомства України порушив кримінальну справу стосовно лідера партії Олексія Івченко за звинуваченням у розкраданнях і зловживанні своїм службовим становищем, як екс-главу Нафтогазу.[8]
16 квітня 2007 р. більшістю голосів делегатів з'їзду блоку «Наша Україна» глава КУН Олексій Івченко виключений з виборчого списку. 4 липня він оголосив, що не балотуватиметься до Верховної ради.
5 липня КУН напередодні позачергових парламентських виборів разом з дев'ятьма іншими партіями (Наша Україна, Вперед, Україна!, Народний рух України, Християнсько-демократичний союз, Українська республіканська партія «Собор», Європейська партія України, Українська народна партія, Партія захисників вітчизни і Громадянська партія «Пора») підписав угоду про створення передвиборчого блоку «Наша Україна — Народна Самооборона», але 2 серпня вийшов з нього, 17 серпня ухвалив рішення не брати участь у парламентських виборах взагалі. У заяві прес-служби КУН з посиланням на рішення центральної ради партії говорилося: «Конгрес українських націоналістів сконцентрує свої зусилля на зміцненні і реформуванні структури партії, на підготовці до чергових виборів до Верховної ради, місцевих рад, президента України, притягнення членів конгресу в органи виконавчої влади… Умова розпуску Конгресу українських націоналістів для участі у створенні єдиної політичної партії ліберально-демократичного спрямування для КУН є неприйнятною».
7 липня 2012 р. пройшов Форум патріотичних сил України, на якому голови «Нашої України», Конгресу українських націоналістів і Української народної партії разом з лідерами понад 30 громадських організацій повинні були також підписали декларацію про об'єднання.
31 липня 2012 р. пройшов XIV з'їзд Конгресу українських націоналістів, яких ухвалив рішення йти на вибори єдиним списком кандидатів з партією «Наша Україна» і Українською народною партією.
У січні 2014 р. КУН звернувся до Віктора Януковича не підписувати закон, ініційований Комуністичною партією України, що стосується відповідальності за заперечення чи виправдання злочинів фашизму (№ 2179), назвавши закон провокацією та заявивши що "влада може використовувати його по відношенню до будь-якого громадянина України"[9].
13 вересня 2014 р. пройшов XV з'їзд Конгресу українських націоналістів, який ухвалив рішення про участь партії в позачергових Парламентських виборах. На них КУН зайняв передостаннє 28-е місце, отримавши 8 976 голосів (0,05 %). Найбільшу підтримку партія отримала у Львівській (0,11 %) та Івано-Франківській (0,09) областях.
Прапор являє собою полотнище з рівновеликих чорної (нижньої) та червоної (верхньої) смуг (прапор УПА). Емблемою є білий хрест у вигляді меча на фоні чорного трикутника, що розташований у червоному колі. Емблема обведена золотавим (внутрішнім) та чорним (зовнішнім) колами. Мечохрест має подвійне значення. Меч, опушений вістрям донизу, символізує готовність захищати Україну, а хрест наголошує, що Конгрес діє у рамках християнської моралі.
Гаслом партії є фраза «Слава Україні! Героям Слава!». Цими словами починаються та завершуються урочисті заходи, їх пишуть у кінці ідеологічних та церемоніальних документів. Цим гаслом при зустрічі та прощанні користуються націоналісти.