Фернандеш почав займатися футболом з 2004 року у футбольному клубі «Фюлі». У 2007 році перейшов до молодіжного складу клубу «Сьйон». З кінця сезону 2012/13 Фернандеш став виступати в резервній команді «Сьйон», яка виступала у Першій лізі Промоушен. В цілому, за фарм-клуб Фернандеш зіграв 41 матч і забив 8 м'ячів.
За першу команду Фернандеш дебютував 1 червня 2013 року в матчі швейцарської Суперлізі проти «Цюриха»[1]. З сезону 2014/15 став регулярним гравцем основного складу. Свій перший гол у складі першої команди Фернандеш забив 1 березня 2015 року в матчі проти «Люцерна»[2]. 7 червня 2015 року Фернандеш у складі «Сьйона» виграв Кубок Швейцарії, у фіналі якого здобув перемогу з рахунком 3:0 над «Базелем», а Едімілсон забив один з голів[3][4]. Перемога в Кубку дала «Сьйону» путівку в Лігу Європи. У Лізі Європи Фернандеш дебютував 17 вересня 2015 року в домашньому матчі проти казанського«Рубіна», де відзначився двома результативними передачами[5].
25 серпня 2016 року Фернандеш перейшов в англійський «Вест Гем Юнайтед» за 6,4 мільйони євро, підписавши з клубом чотирирічний контракт[6][7]. У першому сезоні стабільно залучався до матчів першої команди, провівши 32 матчі в усіх турнірах і забивши 1 гол. Втім вже наступного сезону 2017/18 став рідше грати і провів лише 16 ігор.
Через це влітку 2018 року перейшов на правах оренди в італійську «Фіорентину»[8], у складі якої провів наступний рік своєї кар'єри гравця, а влітку 2019 року перейшов у клуб німецької Бундесліги «Майнц 05».
Виступи за збірні
Протягом 2016–2018 років залучався до складу молодіжної збірної Швейцарії. На молодіжному рівні зіграв у 6 офіційних матчах, забив 2 голи.
13 листопада 2016 року дебютував в офіційних іграх у складі національної збірної Швейцарії в матчі відбору на чемпіонат світу 2018 року проти Фарерських островів (2:0)[9].