1963 engagerades han av Lilla Teatern i Helsingfors (kallad Lillan) som drevs av teaterchefen Vivica Bandler. Där inledde Lindqvist även sin karriär som pjäsförfattare. Tillsammans med Bengt Ahlfors och Erna Tauro skrev han 1963 commedia dell'arte-musikalen I Våras. Han medverkade själv på scen som Harlekin (Harry), medan Gösta Bredefeldt gjorde Pierrot och Hilkka Östman spelade Colombina. Föreställningen, som gick hem hos Helsingforspubliken, ingick sedan i Lillans årliga gästspel i Stockholm. I februari 1964 gavs tio föreställningar på ABC-teatern (nuvarande Playhouse).
Från mitten av 1960-talet har han varit flitigt anlitad av Sveriges Television (tidigare SR/TV) och har även tillhört TV-ensemblen. Bland de många produktioner han medverkat i kan nämnas kriminalserien Operation Argus med Ove Tjernberg och Catrin Westerlund men också ett antal TV-teateruppsättningar som Lärda fruntimmer av Molière, Repetitionen av Jean Anouilh och Regeln och undantaget av Bertolt Brecht med Ernst-Hugo Järegård och Sven Wollter.
Han kom 1968 till Västeråsensemblen som leddes av Hans Bergström som även regisserade urpremiären på Lindqvists musikal Bakåt, soldat (om finska kriget 1808–1809) med Olof Lundström som Napoleon Bonaparte och Lindqvist själv som generalen Wilhelm Mauritz Klingspor. Under sina två år i Västerås gjorde han bland annat Versjinin i Ernst Günthers omtalade uppsättning av TjechovsTre systrar och Boniface i Feyadeaus fars Spökhotellet.
Lindqvist har medverkat som skådespelare i ytterligare två uppsättnigar på stadsteatern, som Teddy-Lampa i En uppstoppad hund 1988 och Theseus i RacinesFedra 1996.
1983 regisserade han Eric IdlesHar ni sett butlern? på Nya scenen som blev en sådan publikframgång att den flyttades till Stora scenen och dessutom förlängdes med en hel säsong. Han har även satt upp Tom StoppardsArkadien 1995.
Skådespelare, regissör och författare
För många är Frej Lindqvist starkt förknippad med rollen som doktor Gunnar Stensson i Pelle Berglunds TV-serie Dubbelstötarna från 1980 med Björn Gustafson som studierektor Bertilsson. En annan minnesvärd roll är som Förhörsledaren i Olle Hägers och Hans Villius TV-serie Raul Wallenberg – fånge i Sovjet 1990.
Han har växelvis varit verksam som skådespelare och regissör i både Sverige och Finland. Han spelade Ministern i Ray CooneysHotelliggaren på Folkan 1985 med Gösta Ekman och Birgitta Andersson och återkom till Lilla teatern i Helsingfors 1987 med sin egen pjäs (med Ahlfors) Soppan kallnar, minnet sviker.
Han bosatte sig i Frankrike i slutet 1990-talet där han också varit verksam som regissör på bland annat operan i Nice men kom då och då hem till Sverige för att gästspela, som 2009 då han gjorde Sorin i Tjechovs Måsen på Norrbottensteatern.
I och med hemkomsten 2013 återknöt han kontakten med teatervärlden och gästspelade 2016 på Dramaten i Andreas T. Olssons uppsättning Improvisation på slottet och både han och Björn Gustafson medverkade 2017 i TV-serien Enkelstöten med Sissela Kyle och Lotta Tejle.
Övrigt
Frej Lindqvist var berättarrösten i serien om Björnen Paddington som visades i svensk TV från 1976.
Lindqvist har läst in en antal audio-böcker exempelvis några av Arto Paasilinnas romaner. I radion har han hörts ett flertal gånger i programmet Sommar. Han har ibland framträtt under pseudonymen Zoltân Papp.[1]
Han har skrivit ett par böcker om skådespeleri, senast Svindlare mot sin vilja,[2][3].