Његов отац је бивши боксер Јануш Гортат. На НБА драфту2005. године био је укупно 57. пик који су одабрали Финикс санси, али је одмах мењан у екипу Орландо меџика.
Гортат је каријеру започео у екипи ЛКС Лођ из родног града, док професионалну каријеру започиње у немачкој екипи Келна, где је играо три сезоне. Године 2006. са том екипом освојио је немачко првенство (Бундеслигу).
Дана 16. априла2008. у последњој утакмици сезоне, мало коришћени Гортат искористио је велику минутажу од 28 минута[3] и са 12 кошева и 11 скокова водио Орландо меџик до победе од 103:83 против Вашингтон визардса.[4]
Дана 15. децембра2008. први пут је започео утакмицу у стартној петорци уместо повређеног Двајта Хауарда,[5] и у 28 минута имао учинак од 16 поена и 13 скокова.[6] Дана 13. априла2009. Гортат поново започиње утакмицу уместо повређеног Хауарда и у минутажи од готово 43 минута постиже учинак од највише скокова у НБА каријери (18 скокова) чему придодаје 10 кошева.
Дана 30. априла2009. први пут започиње у стартној петорци у плејофу у шестој утакмици против Филаделфије sевентисиксерса, а и у тој утакмици је наступао уместо Хауарда који је суспендован у петој утакмици. Марћин Гортат бриљирао је и у тој утакмици постигавши учинак од 11 кошева и 15 скокова, те је на тој утакмици Орландо елиминисао свог противника из даљег такмичења скором победа 4-2.
Дана 8. јула2009. Гортат постаје ограничени слободни играч и потписује понуду од 34 милиона долара на пет година коју су дали Далас маверикси. Орландо mеџик је касније, 13. јула исте године, ускладио своју понуду са Даласом, тако да је Гортат остао у редовима Меџика.
Наиме, према НБА правилима, слободни играч са ограниченим правима може прећи у други НБА клуб који му да понуду. Постојећи клуб може га задржати само ако играчу понуди уговор који је идентичан ономе из супарничке екипе.