W latach 1922–1923 pełnił funkcję dyrektora Departamentu Politycznego Ministerstwa Spraw Zagranicznych; był zwolennikiem liberałów i rządów centrowych, zrezygnował z funkcji w resorcie po objęciu teki przez Romana Dmowskiego. Był następnie posłem RP w Moskwie (1925–1927) i Hadze (1927–1931). W 1932 powrócił do pracy w Katedrze Historii Polski Wieków Średnich i Nauk Pomocniczych Historii Uniwersytetu Warszawskiego, w 1934 objął jej kierownictwo oraz został profesorem zwyczajnym[3]. W latach 1935–1939 prezes Instytutu Naukowo-Badawczego Europy Wschodniej z siedzibą w Wilnie[5].
W czasie II wojny światowej uczestniczył w tajnym nauczaniu uniwersyteckim w Warszawie (pracował zarazem jako kustosz w Bibliotece Ordynacji Krasińskich); jego księgozbiór naukowy został skonfiskowany przez Niemców, a wiele materiałów spłonęło podczas powstania warszawskiego. Sam Kętrzyński został aresztowany przez gestapo w listopadzie 1943, był więziony na Pawiaku, potem w krakowskim klasztorze św. Michała i w niemieckim oboziekoncentracyjnymAuschwitz-Birkenau. Po wojnie pracował krótko na Uniwersytecie Jagiellońskim (1945–1946) i Uniwersytecie Warszawskim (ponownie kierownik Katedry Historii Polski Wieków Średnich i Nauk Pomocniczych Historii 1946–1947). W 1947 przeszedł na emeryturę, zmarł w 1950 po chorobie serca[3].
Od 1908 był członkiem rzeczywistym, od 1930 członkiem zwyczajnym Towarzystwa Naukowego Warszawskiego; w latach 1913–1924 i 1945–1950 przewodniczył Komisji Historycznej TNW. W 1929 został powołany na członka korespondenta Polskiej Akademii Umiejętności, w 1938 – na członka czynnego tej akademii. Należał również do Towarzystwa Naukowego we Lwowie, Polskiego Towarzystwa Heraldycznego, Polskiego Towarzystwa Historycznego; organizował zebrania naukowe Polskiego Towarzystwa Historycznego (z Ludwikiem Kolankowskim) w czasie wojny. W 1946 został laureatem nagrody naukowej Towarzystwa Naukowego Warszawskiego. Był odznaczony m.in. Krzyżem Komandorskim i Krzyżem Komandorskim z Gwiazdą Orderu Odrodzenia Polski oraz holenderskim Orderem Niepodległości[3]. Pochowany na cmentarzu Powązkowskim (kwatera 188-3-32)[7].
Materiały archiwalne Stanisława Kętrzyńskiego znajdują się w PAN Archiwum w Warszawie pod sygnaturą III-33[8].
Zainteresowania naukowe
W pracy naukowej Stanisław Kętrzyński zajmował się dyplomatyką, sfragistyką, historią średniowieczną Polski, bibliotekoznawstwem. Badał m.in. genealogię Piastów oraz genezę urzędu kanclerza w Polsce. Zajmował się życiem i działalnością Mieszka I. Na przykładzie analizy pieczęci Przemysława II, Władysława Łokietka i Kazimierza Wielkiego podkreślał rolę sfragistyki w badaniach historycznych. Analizował kronikę Wincentego Kadłubka. Wiele uwagi poświęcił problematyce rozbicia dzielnicowego oraz powstaniu stolicy Polski w Krakowie. Współpracował z pismami „Przegląd Historyczny”, „Przegląd Demokratyczny” oraz wydawnictwem „The Cambridge History of Poland”.