Latem 1988 roku Águas przeszedł do FC Porto, w którym grał przez dwa lata. Za czasów gry w tym klubie został raz mistrzem kraju w 1990 roku. Po tym sukcesie wrócił do Benfiki, a w sezonie 1990/1991 z 25 golami został królem strzelców ligi przyczyniając się do wywalczenia przez Benficę tytułu mistrza Portugalii. W 1993 roku zdobył kolejny krajowy puchar, a w 1994 roku po raz ostatni w karierze wywalczył mistrzostwo Portugalii.
Latem 1994 Águas przeszedł do Estreli Amadora. Po pół roku gry w tym klubie trafił do włoskiejReggiany. W 1995 roku zakończył karierę piłkarską w wieku 35 lat.