Ginter rozpoczął swoją karierę w SV March, z którego latem 2005 roku przeniósł się do SC Freiburg. W styczniu 2012 roku rozpoczął treningi z pierwszą drużyną z powodu braków kadrowych. 21 stycznia 2012 roku zadebiutował w barwach klubu, gdy w 70. minucie meczu z Augsburgiem zastąpił na boisko Antona Puciłę. 18 minut późnej Ginter zdobył swoją pierwszą bramkę, zostając jednocześnie najmłodszym strzelcem Freiburga w Bundeslidze. Dwa dni później podpisał nowy kontrakt. 17 lipca 2014 został zaprezentowany jako nowy piłkarz Borussii Dortmund[1]. 4 lipca 2017, został zawodnikiem Borussii Mönchengladbach[2].