Eparchia czernihowska kontynuuje tradycję administratury o tej samej nazwie funkcjonującej w strukturach metropolii kijowskiej Patriarchatu Konstantynopolitańskiego, działającej od przełomu X i XI w. do końca XV stulecia. Reaktywowana w 1657, eparchia weszła w 1685 do Patriarchatu Moskiewskiego razem z całą metropolią kijowską[3]. Od 1799 do 1803 eparchia nosiła nazwę małorosyjskiej – czernihowskiej, następnie przyjęła ponownie nazwę pierwotną[4].
Struktury eparchii zostały niemal całkowicie zniszczone w czasie masowych prześladowań prawosławnych w ZSRR w latach 30. XX wieku[4]. Część świątyń zwrócono Kościołowi prawosławnemu dopiero po agresji niemieckiej na ZSRR[4]. W latach 1959–1989 biskupi czernihowscy byli równocześnie locum tenenseparchii sumskiej[4]. W latach 80. XX wieku, razem ze zmianami politycznymi w ZSRR, rozpoczęło się odbudowywanie struktur administratury[4].
↑A. Mironowicz, Metropolia kijowska w strukturze patriarchatu konstantynopolitańskiego (988–1685) [w:] red. A. Mironowicz, U. Pawluczuk, P. Chomik, Autokefalie Kościoła prawosławnego w Polsce, Uniwersytet w Białymstoku, Białystok 2006, ISBN 978-83-7431-062-8