Do godzin południowych 1 września 1939 batalion wchodził w skład Oddziału Wydzielonego „Kartuzy“ wraz z 4 morskim batalionem strzelców (wcześniej Kartuski batalion ON) i plutonu artylerii na lorach kolejowych[1]. 1 września 1939 ok. godz. 13.00 batalion został podporządkowany dowódcy GO „Czersk” i w jej składzie rozpoczął kampanię wrześniową. Po otrzymaniu tego rozkazu batalion ok. godz. 16.00 podjął marsz z Kartuz do Kościerzyny, gdzie miał wejść w skład Oddziału Wydzielonego „Kościerzyna“ pod dowództwem ppłk. Jerzego Staniszewskiego[2]. W godzinach nocnych 2 września batalion ON Gdynia II dotarł do Kościerzyny, po wycofaniu się głównych sił oddziału z miasta. Następnie zgodnie z rozkazem podjął dalszy marsz trasą na Stawiska i Starą Kiszawę. Batalion samotnie dalej maszerował zachodnim skrajem Borów Tucholskich. Tempo marszu znacznie spadło z uwagi na długość marszu, bez dłuższych odpoczynków[3]. W trakcie marszu utracono wszelką łączność z dowództwami OW „Kościerzyna“ i GO „Czersk”. 3 września ok. godz. 16.00 (po dwóch dobach marszu) dotarł w okolice miejscowości Osie. W trakcie domarszu patrol polskich saperów wysadził na rzece Wda most w miejscowości Czarna Woda. Podczas przeprawy w bród na jej brzegu pozostawił cały tabor. Na lewym brzegu napotkano patrol 4 czołgów niemieckich. Z uwagi na brak broni przeciwpancernej, II Gdyński batalion wycofał się do lasu i obszedł wieś Osie, z uwagi na obecność w niej niemieckich jednostek. 4 września rano batalion pomaszerował w kierunku wschodnim. 5 września z uwagi na okrążenie batalionu, niemożliwe stało się wyjście batalionu na otwarty teren. W rejonie leśniczówki Kwiatki mjr Władysław Sikorski rozwiązał II Gdyński batalion ON, żołnierzom nakazał w grupach przedzierać się do Gdyni lub na południe w kierunku Bydgoszczy. Jedna z grup pod dowództwem kpt. Michała Ziobrowskiego dostała się do niewoli 13 września pod Nowym Mostkiem koło Koronowa[4]
dowódca kompanii „Gdynia V” – kpt. piech. Michał Antoni Julian Ziobrowski[c]
dowódca kompanii „Gdynia VI–Chylonia” – kpt. piech. Kazimierz Nowicki-Osuch[d]
Uwagi
↑Władysław II Sikorski (ur. 25 czerwca 1896) na stopień majora został mianowany ze starszeństwem z 19 marca 1938 i 33. lokatą w korpusie oficerów piechoty. Równocześnie pełnił funkcję komendanta 201 Obwodu PW. Był odznaczony KN i SKZ[6].
↑kpt. piech. Tadeusz Fritz (ur. 27 października 1898) na stopień kapitana został mianowany ze starszeństwem z 1 stycznia 1928 w korpusie oficerów piechoty. Równocześnie pełnił funkcję komendanta miejskiego PW Gdynia IV. Był odznaczony KN, KWx2 i SKZ[7].
↑kpt. piech. Michał Antoni Julian Ziobrowski (ur. 17 września 1898) na stopień kapitana został mianowany ze starszeństwem z 1 stycznia 1933 w korpusie oficerów piechoty. Równocześnie pełnił funkcję komendanta miejskiego PW Gdynia V. Był odznaczony KN, KWx4 i SKZ[8].
↑kpt. piech. Kazimierz Nowicki-Osuch (ur. 4 lutego 1899) na stopień kapitana został mianowany ze starszeństwem z 1 stycznia 1936 w korpusie oficerów piechoty. Równocześnie pełnił funkcję komendanta miejskiego PW Gdynia VI. Był odznaczony KN i SKZ[9].
KazimierzK.PindelKazimierzK., Obrona Narodowa 1937-1939, Warszawa: Wydaw. Ministerstwa Obrony Narodowej, 1979, ISBN 83-11-06301-X, OCLC69279234. Brak numerów stron w książce
Kępa Oksywska 1939. Relacje uczestników walk lądowych, Gdańsk 1985
Ryszard Rybka, Kamil Stepan: Rocznik oficerski 1939. Stan na dzień 23 marca 1939. Kraków: Fundacja CDCN, 2006. ISBN 978-83-7188-899-1.
Konrad Ciechanowski: Armia „Pomorze” 1939. Warszawa: Wydawnictwo MON, 1983. ISBN 83-11-06793-7.
Wacław Tym, Andrzej Rzepniewski: Gdynia 1939. Wstęp, wybór, komentarze. Relacje uczestników walk lądowych. Gdańsk: Wydawnictwo Morskie, 1979. ISBN 83-215-7187-5.