Tijdens de eindfase van de oorlog gaf Giesler de opdracht tot het executeren van 16 burgers en een ongeboren kind, in het Bloedbad van Penzberg.
In het op 29 april 1945 getekende testament van Adolf Hitler werd hij benoemd tot rijksminister van Binnenlandse Zaken, als opvolger van Heinrich Himmler. Op dezelfde dag vluchtte Giesler echter met zijn familie uit München vanwege de oprukkende geallieerden, waarna hij samen met zijn vrouw een eerste zelfmoordpoging deed met slaappillen, die echter mislukte. Enkele dagen later heeft hij waarschijnlijk zijn vrouw bij Hintersee omgebracht en opnieuw geprobeerd zelfmoord te plegen door zichzelf door het hoofd te schieten, waarna hij nog enkele dagen heeft geleefd. Hij werd verpleegd in een veldhospitaal in Bischofswiesen. Hij werd begraven op het Alten Friedhof van Berchtesgaden, sectie: O, rij 3-graf 12 (grafsteen verwijderd).[7]
(de) Höffkes, Karl (1986). Hitlers Politische Generale; Die Gauleiter des Dritten Reiches. Grabert - Verlag - Tübingen, Tübingen, 87, 88. ISBN 3-87847-082-7. Geraadpleegd op 14 maart 2019.
.svg){kind=small}
