Gürtner werd geboren in Regensburg als zoon van een treinmachinist. Na de middelbare school in Regensburg ging hij naar de Universiteit van München, waar hij rechten studeerde. Tijdens de Eerste Wereldoorlog diende hij aan het westelijk front en in Palestina. Hij ontving hiervoor een IJzeren Kruis (eerste en tweede klasse).
Hij verafschuwde de wrede methoden van de Gestapo en de SA bij het behandelen van krijgsgevangenen en protesteerde zonder succes bij Hitler, maar bleef niettemin in het kabinet en hoopte van binnenuit de rechtspraak te hervormen. In plaats daarvan werd hij verantwoordelijk voor de sanctionering en wetgeving ten behoeve van de systematische pervertering van de rechtsstaat in het Derde Rijk.