尾本 惠市（おもと けいいち、1933年5月16日 - ）は、日本の分子人類学者。東京大学・国際日本文化研究センター名誉教授。
1933年、東京生まれ。東京大学理学部を卒業するとドイツへ留学。1972年東京大学大学院理学研究科博士課程修了、理学博士号を取得。学位論文の題は「Blood protein polymorphisms and the problem of the genetic affinities of the Ainu(血液蛋白の多型とアイヌの遺伝的起源の問題)」[1][注釈 1]。
その後は、東京大学理学部助教授。1979年に教授昇格。1993年に東京大学を退官し、名誉教授となった。その後は国際日本文化研究センター教授を務め、1999年に定年退官、名誉教授となった。その後は桃山学院大学教授に就いた。現在は総合研究大学院大学の上級研究員。
専門は人類学で、分子人類学。アイヌ人やフィリピンのネグリト族の起源に関する研究で世界的な成果を挙げている。
蝶に対する造詣が深く、特にウスバシロチョウに代表されるウスバアゲハ亜科の系統分類学的研究で大きな成果を挙げている[3]。将棋に対する造詣の深さでも知られている。
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