Dal 1995 al 2001, Follini è membro della direzione nazionale del CCD guidato da Casini. Quando il partito partecipa alla costituzione della nuova alleanza di centro-destra (la Casa delle Libertà) che vince le elezioni, e Casini viene eletto presidente della Camera dei deputati, Follini assume la segreteria del CCD. Mantiene la carica fino al termine della storia politica del partito, determinata dalla confluenza nel nuovo soggetto centrista dell'Unione dei Democratici Cristiani e Democratici di Centro (UDC).
All'atto della costituzione del partito, con il primo congresso nazionale (dicembre 2002), Follini viene eletto segretario dell'UDC. Nel corso della sua attività, il partito raggiunge risultati ragguardevoli, toccando il ciglio del 6% dei consensi a livello nazionale.
Dal 2 dicembre del 2004 al 15 aprile 2005 ricopre la carica di vicepresidente del Consiglio nel secondo governo Berlusconi, ed è uno dei promotori del rinnovamento nella coalizione di governo dopo la palese sconfitta maturata alle elezioni regionali del 2005, che porterà alla costituzione di un nuovo esecutivo (il terzo governo Berlusconi, di cui Follini sceglierà di non entrare a far parte per dedicarsi all'attività di partito).
Secondo alcune fonti, durante questo periodo si sarebbero verificati vari episodi di conflitto tra Follini e il presidente Berlusconi[4] il quale, ancora più che a Casini, addebita a lui un surrettizio ostruzionismo che avrebbe prodotto un rallentamento della spinta riformatrice in direzione del liberismo economico e della revisione delle strutture dello Stato.
Inaspettatamente, il 15 ottobre 2005, con un breve intervento alla direzione nazionale del partito, Marco Follini presenta le sue dimissioni dalla carica di segretario dell'UDC[5]. L'episodio avviene all'indomani dell'approvazione dalla Camera dei deputati della nuova legge proporzionale, una legge sollecitata dalla stessa UDC, ma non proprio nella misura in cui la richiedeva Follini[6]. Dice infatti:
«La mia opinione è che servisse un'altra legge, in un altro modo. Ritenevo che si dovesse fare di più per coinvolgere l'opposizione in questo tentativo. Ritenevo che la possibilità per gli elettori di scegliere i candidati e di non subire troppo perentorie indicazioni dei partiti facesse parte di quel diritto in più e di quel potere in più che noi per primi avevamo evocato. In una parola, immaginavo una legge in cui la furbizia e la virtù si tenessero in equilibrio, e non una situazione in cui l'una schiacciasse l'altra.[7]»
Follini sostiene che con questa nuova legge si apre una stagione nuova per la politica italiana e "non esistono uomini per tutte le stagioni". Di qui le sue dimissioni, "conseguenza inevitabile" dell'attuale situazione[8].
Dopo le elezioni politiche del 2006 (nelle quali Follini viene eletto senatore), insieme a Bruno Tabacci e ad altri esponenti del partito, è però tornato a esprimere con energia il suo dissenso rispetto alla linea politica dell'UDC, che egli ritiene succube nei confronti di Forza Italia e Silvio Berlusconi. Follini e Tabacci hanno auspicato un cambiamento nella guida della coalizione.
Nell'estate 2006, sostiene che l'UDC debba dichiarare conclusa l'esperienza della Casa delle Libertà:
«Il mio consiglio all'UDC è di dichiarare chiusa l'esperienza con la CdL. Se l'UDC dichiarerà la fine della CdL, sarò con l'UDC; se l'UDC resterà nella CdL, potrà farlo anche senza di me.[9]»
Il 18 ottobre 2006 ha annunciato, assieme al deputato Riccardo Conti, la sua uscita dal gruppo parlamentare dell'UDC a favore del gruppo misto accusando i suoi ex-compagni di avere, negli ultimi mesi, "abbaiato poco e morsicato molto meno".[10]
Follini ha fondato e diretto la fondazione culturale "Formiche". Ha poi fondato il movimento politico denominato Italia di Mezzo.
Il 28 febbraio 2007 ha votato a favore della fiducia al Governo Prodi II, rinviato alle Camere dal Presidente della Repubblica, Giorgio Napolitano. La scelta di votare a favore del governo di centro-sinistra, secondo quanto dichiarato in un'intervista al Corriere della Sera del 24 febbraio 2007, è dovuta alla riprogrammazione da parte dell'esecutivo di Prodi, che ha fissato il proprio programma nel conseguimento di 12 specifici punti[11].
Il 22 maggio 2007 è entrato a far parte del "Comitato 14 ottobre", il gruppo promotore di 45 componenti incaricato dell'elaborazione delle linee guida per la nascita del nuovo Partito Democratico.
Il 26 novembre 2007, il segretario Walter Veltroni lo ha nominato responsabile nazionale per le Politiche dell'informazione del Partito Democratico. In questi stessi mesi inizia la collaborazione con Il Riformista, quotidiano per il quale tiene una rubrica settimanale.
Alle elezioni politiche del 2013 non si ricandida in Parlamento. Nel giugno 2013 Follini decide di riconsegnare la tessera del PD, giudicato come un partito dal profilo socialista[12]. Dopo un'esperienza ultratrentennale, Follini lascia la politica attiva.
Collabora attualmente come editorialista al settimanale L'Espresso e cura una rubrica settimanale ("Il punto di vista di Follini") sul agenzia di stampa online Adnkronos.
^Marco Travaglio, Carta Canta - Il Partito del Popolo delle Libertà, la Repubblica.it, 20 novembre 2007. descrive un colloquio che sarebbe avvenuto l'11 luglio 2004 durante una verifica di governo, di cui si riportano le parole: Silvio Berlusconi: "Parliamo della par condicio: se non abbiamo vinto le elezioni, caro Follini, è colpa tua che non l'hai voluta abolire". Marco Follini: "Io trasecolo. Credevo che dovessimo parlare dei problemi della maggioranza e del governo". Berlusconi: "Non far finta di non capire, la par condicio è fondamentale. Capisco che tu non te ne renda conto, visto che sei già molto presente sulle reti Rai e Mediaset". Follini: "Sulle reti Mediaset ho avuto 42 secondi in un mese". Berlusconi: "Non dire sciocchezze, la verità è che su Mediaset nessuno ti attacca mai". Follini: "Ci mancherebbe pure che mi attacchino". Berlusconi: "Se continui così, te ne accorgerai. Vedrai come ti tratteranno le mie tv". Follini: "Voglio che sia chiaro a tutti che sono stato minacciato".
^(EN) Tony Barber, "Boost for Berlusconi after Opponent Resigns", Financial Times, Londra 17 ottobre 2005: 9, The Financial Times Historical Archive, 1888-2010.
^Angelo Picariello, "Storia e amarcord dello Scudo Crociato, il partito che nessuno vuole più e tutti rimpiangono", Avvenire, 9 novembre 2019, p. 9: "gli fecero notare che era la legge elettorale che aveva chiesto. Ma, piccolo particolare, mancava la possibilità per l'elettore di indicare una preferenza, strumento vitale per l'ultimo partito di ispirazione democristiana presente su piazza (con lo scudo crociato ancora nel simbolo), che della selezione della classe dirigente faceva il suo tratto distintivo rispetto al modello di partito personale ormai imperante".
^Giorgio Dell'Arti - Massimo Parrini Catalogo dei viventi 2009, Marsilio scheda aggiornata al 5 ottobre 2008, Elisabetta SpitzArchiviato il 19 giugno 2015 in Internet Archive.