La Kategoria e Parë 1946 fu la nona edizione della massima serie del campionato albanese di calcio disputato tra il 14 aprile e il 26 dicembre 1946 e concluso con la vittoria del KS Vllaznia Shkodër, al suo secondo titolo.
Come nell'edizione precedente parteciparono al torneo12 squadre divise in due gironi da 6. Venne disputato un girone di andata e ritorno per un totale di 10 partite con le prime classificate che si incontrarono in uno spareggio per il titolo.
Quattro squadre si ritirarono alla fine della stagione: Apolonia Fier, Besa Kavajë, Erzeni Shijak e Spartaku Kuçovë.
Il SK Tirana cambiò nome in 17 Nandori Tiranë, il KS Teuta Durrës diventò Ylli i Kuq Durrës e il Ismail Qemali Vlorë diventò KS Flamurtari Vlorë