La Kategoria Superiore 1999-2000 fu la 61ª edizione della massima serie del campionato albanese di calcio disputata tra il 18 settembre 1999 e il 24 maggio 2000 e conclusa con la vittoria del Tirana, al suo diciannovesimo titolo.
Tre punti a vittoria, uno a pareggio, zero a sconfitta.
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Per il titolo
L'incontro tra Tirana e Tomori, entrambe a 52 punti alla fine del campionato, venne disputato ad Elbasan il 28 maggio 2000 e si impose ai rigori la squadra della capitale dopo che la partita finì 1-1 ai tempi supplementari.
L'Elbasani, giunto penultimo, incontrò a Tirana il 7 giugno 2000 il Besa Kavajë, secondo della Kategoria e Dytë per l'ultimo posto disponibile nella massima divisione della stagione successiva.