Nel novembre 1995 viene ingaggiato dalla Cremonese, club italiano militante in Serie A[1]. Il debutto nel massimo campionato è avvenuto il 26 novembre 1995, in Cremonese-Padova (2-1)[2], incontro nel quale ha stabilito il record di gol più veloce in Serie A per un calciatore esordiente straniero alla prima gara da titolare[3][4], siglando la rete del momentaneo vantaggio dei padroni di casa dopo due minuti di gioco[5]. Nella prima stagione in Italia, conclusasi con la retrocessione in Serie B del club grigiorosso, Aloisi ha collezionato, in totale, 22 presenze e 2 reti. Nella stagione successiva, conclusasi con una nuova retrocessione per il club grigiorosso, Aloisi ha disputato 30 gare e messo a segno tre reti.
Inghilterra: Portsmouth e Coventry City
Nel 1997 si è trasferito in Inghilterra, al Portsmouth[6], club militante nella seconda serie inglese. Il debutto in campionato è datato 9 agosto 1997, nell'incontro Manchester City-Portsmouth (2-2)[7]. Ha militato nel club hampshiriano fino al dicembre dell'anno successivo, totalizzando 29 reti in 67 incontri disputati. Il 18 dicembre 1998 è stato acquistato dal Coventry City, club militante nella massima divisione inglese, per 650.000 sterline. Il debutto in Premier League è avvenuto il giorno successivo, in Coventry City-Derby County (1-1)[8]. Ha militato nel club azzurro per tre stagioni, totalizzando 44 presenze e 13 reti.
Spagna: Osasuna e Alavés
Nell'estate 2001 è passato all'Osasuna, club spagnolo militante in Liga. Il debutto nella massima serie spagnola è avvenuto il 26 agosto 2001, nell'incontro Osasuna-Celta de Vigo (0-3)[9]. Ha militato nel club per quattro stagioni, collezionando con i rossi un totale di 33 reti in 132 presenze. Nell'estate 2005, dopo essere stato molto vicino al trasferimento al Panathīnaïkos[10], è stato ingaggiato dall'Alavés. Il debutto con la nuova maglia è avvenuto il 18 settembre 2005, nell'incontro di campionato Alavés-Getafe Club (3-4)[11]. Ha militato nel club biancazzurro per due stagioni, totalizzando 60 presenze e 16 reti.
Ultimi anni
Il 20 ottobre 2007 è tornato in Australia, firmando un contratto con il Central Coast Mariners[12]. Il 3 marzo 2008 si è trasferito al Sydney[13][14], dove ha militato per due stagioni. Il 29 marzo 2010 viene ufficializzato il suo trasferimento a parametro zero al Melbourne Heart[15][16]. Al termine della stagione ha annunciato il proprio ritiro dal calcio giocato[17].
Nazionale
Nazionale olimpica
Nel 1996 ha partecipato alla XXVI Olimpiade. Nel 2004 ha partecipato come fuori quota, con la Nazionale olimpica, alla XXVIII Olimpiade[18], competizione nella quale ha siglato un totale di tre reti in quattro incontri disputati.
Il 23 ottobre 2011 viene chiamato ad allenare le giovanili del Melbourne[26]. Ha ricoperto l'incarico fino al 4 marzo 2012[26]. L'8 maggio 2012 diventa allenatore della prima squadra del Melbourne[27]. Viene sollevato dall'incarico il 28 dicembre 2013[28]. Il 26 maggio 2015 viene ingaggiato dal Brisbane Roar come nuovo tecnico della prima squadra[29]. Il 28 dicembre 2018 si è dimesso[30]. Il 15 luglio 2021 viene ufficializzato il suo ingaggio da parte del Western United[31].
^Cristian Vitali, John Aloisi in Calciobidoni - Non comprate quello straniero, Piano B Edizioni, 2010.
^Lo strano derby di Mark Bresciano, su archiviostorico.corriere.it, 24 giugno 2006, p. 48. URL consultato il 21 luglio 2010 (archiviato dall'url originale il 10 luglio 2012).
^(EN) Mariners sign John Aloisi, su The Sydney Morning Herald, 20 ottobre 2007. URL consultato l'11 gennaio 2023.
^(EN) Sydney FC put players on notice, su archive.is, 3 marzo 2008. URL consultato l'11 gennaio 2023 (archiviato dall'url originale il 31 dicembre 2012).