Suo fratello Murat Yakın è stato anch'egli calciatore e nazionale svizzero, prima di intraprendere la carriera di allenatore. Murat ha anche allenato Hakan per qualche mese, nel 2011, ai tempi del Lucerna.
Considerato uno dei migliori calciatori svizzeri degli ultimi 10 anni, non ha però riscontrato grandi successi al di fuori del suo paese, giocando in squadre come Stoccarda e Galatasaray. Al Paris Saint-Germain non ha mai iniziato per via di una ferita che aveva nascosto, e in seguito alla cui scoperta il club francese lo ha rimandato a Basilea.
Dal 2005 al 2008 milita nella squadra svizzera dello Young Boys, dopo aver militato in numerose squadre svizzere ed estere.
Nella stagione 2009-2010 ha segnato 8 reti in 27 partite in Super League (Svizzera) con la maglia numero dieci del Lucerna (qualificatasi per l'Europa League), guadagnandosi la convocazione da parte del CT Ottmar Hitzfeld per i Mondiali 2010 in Sudafrica, dove la Svizzera ha disputato un buon girone (da rilevare lo storico successo per 1-0 con la blasonata Spagna) ma non è riuscita a qualificarsi agli ottavi di finale.
Il 4 ottobre 2011 Hakan Yakin annuncia il suo passaggio al Bellinzona per 6 anni a partire dal 1º gennaio 2012, dove oltre al ruolo di giocatore rivestirà quello di uomo immagine del Bellinzona dopo il calcio giocato e contribuirà, con la sua immagine, alla promozione del nuovo stadio cittadino. Lo stesso giorno annuncia di porre fine alla sua carriera internazionale con la maglia della nazionale rossocrociata.[1]
A Euro 2008 ha segnato tre gol (uno contro la Turchia e due contro il Portogallo), diventando il capocannoniere della Nazionale svizzera in questa competizione. La sua doppietta contro i portoghesi, con gli elvetici già eliminati, ha permesso alla Svizzera di conseguire la prima vittoria ad un Europeo. Quando ha segnato contro la Turchia non ha esultato perché di origine turca.
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