Come possibile erede al trono, Giovanni ricevette una appropriata educazione presso la corte di suo cognato Alberto I di Prussia a Königsberg, dove venne mandato a stare per alcuni anni. Si trattava di un feudo compreso all'interno del ducato luterano di Prussia, poi reso uno stato laico dai cavalieri teutonici nel 1525. Il successo di questa politica avrebbe influenzato la comprensione delle dinamiche politiche e dello stato da parte di Giovanni, anche se egli non divenne mai un principe regnante autonomamente.
Durante il suo regno Giovanni aderì alla Riforma protestante e fondò diverse istituzioni sociali e scolastiche note a Haderslev con il nome di Ospedali del duca Giovanni. Introdusse inoltre importanti riforme nel sistema giudiziario e diede avvio a un programma di protezione delle coste marittime.
Nel Giovanni, Adolfo e Federico II di Danimarca, succeduto al padre Cristiano III, occuparono la repubblica indipendente di Dithmarschen e la divisero tra loro.
Quando Giovanni morì nel 1580, senza eredi, il suo territorio venne diviso tra Adolfo e Federico.
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Emilie Andersen (ed.): De Hansborgske Registranter, due volumi, Copenaghen 1943 e il 1949
Emilie Andersen (ed.): De Hansborgske Domme 1545-1578 , tre volumi, Copenaghen, 1994