È ordinato presbitero per la diocesi di Magonza l'11 febbraio 1978, subito dopo il suo trentesimo compleanno, dal cardinale Hermann Volk.[1] Dopo l'ordinazione, presta servizio come viceparroco in tre diverse parrocchie.
All'interno della Conferenza episcopale tedesca è presidente della Commissione ecumenica, vicepresidente della Commissione per la Fede e membro della Commissione della Chiesa nel mondo. È anche vicepresidente dell'Associazione delle Chiese Cristiane in Germania e primo presidente della Società per la Promozione dell'Istituto della Chiese orientali di Ratisbona.
Come amico personale di papa Benedetto XVI viene incaricato della preparazione dell'edizione della sua opera omnia: una serie di volumi che raccoglieranno tutti gli scritti del Pontefice.[4]
È autore di più di 400 pubblicazioni scientifiche su teologia dogmatica, ecumenismo, novissimi, ermeneutica, sacerdozio e diaconato. La sua opera più importante è Katholische Dogmatik. Für Studium und Praxis der Theologie ("Dogmatica cattolica. Per lo studio e la prassi della teologia").
Il 1º luglio 2017, allo scadere del quinquennio da prefetto della Congregazione per la dottrina della fede, papa Francesco nomina suo successore il segretario della Congregazione stessa, l'arcivescovo Luis Francisco Ladaria Ferrer, S.I.[8] Si ritira così in Germania, declinando le proposte di altri incarichi.[9]
Nel 2002 pubblicò il libro Die Messe - Quelle des christlichen Lebens ("La Messa - Fonte della vita cristiana", St. Ulrich Verlag, Augsburg). Nel libro scrive: "In realtà, il Corpo e il Sangue di Cristo non significano i componenti materiali della persona umana di Gesù durante la sua vita o nella sua corporalità trasfigurata. Qui, il Corpo e il Sangue di Cristo significano la presenza di Cristo nei segni dei mezzi del pane e del vino."
Teologia della liberazione
A proposito del pensiero di Gustavo Gutiérrez (iniziatore della teologia della liberazione), di cui fu allievo, ha dichiarato: "La teologia di Gustavo Gutiérrez, a prescindere da come la si consideri, è ortodossa perché è ortopratica e ci insegna il corretto modo di agire in modo cristiano, poiché deriva dalla fede autentica." È importante notare che le posizioni di Gutiérrez non sono mai state censurate dalla Santa Sede, sebbene gli sia stato chiesto di modificare alcune sue proposizioni.[4]
Mariologia
Nella sua opera di 900 pagine Katholische Dogmatik. Für Studium und Praxis der Theologie ("Dogmatica cattolica. Per lo studio e la prassi della teologia", Freiburg. 5ª edizione, 2003), ha dichiarato che la dottrina della Perpetua verginità di Maria non è "tanto relativa alle specifiche proprietà fisiologiche durante l'atto naturale del parto [...], ma piuttosto alla guarigione e all'azione salvatrice della grazia del Salvatore verso la natura umana."
Indissolubilità della famiglia ed Eucaristia ai divorziati
Coautore del libro Permanere nella verità di Cristo. Matrimonio e comunione nella Chiesa cattolica, uscito in stampa in Italia nel mese di Ottobre 2014, viene ribadito sia il divieto assoluto di amministrare la comunione ai divorziati risposati con rito civile o di altra religione, sia l'indissolubilità da parte di qualsiasi autorità umana (civile o religiosa) del matrimonio rato e consumato tra battezzati, in essere e vivente fino alla loro morte[13]. Entrambi vengono considerati un'unica pratica contraria all'insegnamento di Gesù nel Nuovo Testamento e alla dottrina della Chiesa antica[14].
Viene anche riscontrato un fraintendimento della misericordia di Dio nei confronti del peccato umano, mai separabile dalle qualità di santità e giustizia divine: "le esigenze dei peccatori, oggi divenute norma sociale, non hanno e non avranno mai la forza di mutare i principi divini e della Chiesa, Sposa di Cristo"[15].
Nel libro intervista La speranza della famiglia, uscito a poche settimane di distanza, ha ricordato che "Recenti indagini svolte tra i nostri giovani hanno confermato il fascino dell’ideale di fedeltà tra un uomo e una donna, fondato sull’ordine della Creazione. Anche se affermano di “credere” nel divorzio, la maggior parte tra loro aspira a una relazione fedele e costante, corrispondente alla sua natura spirituale e morale”", concludendo che il matrimonio indissolubile "possiede un valore antropologico di primaria grandezza: sottrae la persona all’arbitrio e alla tirannia dei sentimenti e degli stati d’animo; li aiuta ad affrontare le difficoltà personali e a superare le esperienze dolorose; soprattutto protegge i figli. [...] Nella sua essenza, esso è dedizione e impegno. Nell’amore coniugale, due persone si dicono l’un l’altra, in modo cosciente e volontario: sei così importante per me, sei così unico/a per me, che voglio stare solamente con te e per sempre!”"[16].
Omofobia e omosessualità
Ritiene l'omofobia "un'invenzione, uno strumento del dominio totalitario sulla mente" e "un inganno che serve per minacciare la gente"[17] sebbene in molti paesi l'omosessualità rimanga un tabù perseguitato penalmente.[18]
Ha anche dichiarato che: "Non esistono gli “omosessuali” come categoria. Ci sono persone concrete che hanno alcune tendenze, e ci sono le tentazioni".[19]
Condizione delle Chiese ortodosse e delle comunità protestanti
In un discorso dell'ottobre del 2011 ha detto che "il Magistero cattolico è lontano dal negare un carattere ecclesiale o un'esistenza ecclesiale alle Chiese separate e alle comunità ecclesiali dell'Occidente".[20]
Nel libro Permanere nella verità di Cristo, edito insieme ad altri cardinali e a quattro studiosi cattolici, sono presentate argomentazioni teologiche favore della secolare resistenza della Chiesa Cattolica alla pratica bizantina e ortodossa dell’oikonomia, la possibilità di sposarsi in secondo nozze -con il primo coniuge ancora in vita- dopo un periodo preparatorio di penitenza. Tale pratica fu introdotta nell'XI secolo dagli imperatori bizantini per motivi politici, non di carattere divino"[15].
Messa tridentina
Nel gennaio 2023 ha dichiarato in merito al motu proprio Traditionis custodes: «La stretta di papa Francesco sulla messa in latino è stata un’imprudenza. Al Pontefice suggerisco di essere maggiormente attento a tutte le sensibilità dentro la Chiesa, anche quelle più lontane dalle sue.[...] Non è stato prudente insistere con intransigenza nel disciplinare i cosiddetti tradizionalisti». Secondo Müller «sarebbe bastato mantenere il motu proprio del 2007 di papa Benedetto, che era più prudente perché teneva dentro tutto il panorama ecclesiale».[21]
Pubblicazioni
(a cura di) Joseph Ratzinger. Gesammelte Schriften. (18 voll.) Freiburg i. Br. 2008 ff.
Katholische Dogmatik. Für Studium und Praxis der Theologie. 7ª edizione 2007 (tradotto anche in spagnolo, italiano, ungherese e cinese).
(a cura di) Der Glaube ist einfach. Aspekte der Theologie Papst Benedikts XVI. Regensburg 2007.
Jesus ist der Herr – Predigten und Ansprachen. 2007, ISBN 3-7954-2063-6.
Gott und seine Geschichte. Ein Gespräch über die Bibel. Freiburg 2005.
Vom Vater gesandt. Impulse einer inkarnatorischen Christologie für Gottesfrage und Menschenbild. Regensburg 2005, ISBN 978-3-7917-1957-3.
Gustavo Gutiérrez, Gerhard Ludwig Müller, An der Seite der Armen: Theologie der Befreiung ("Dalla parte dei poveri: teologia della liberazione"), Augsburg, Sankt-Ulrich-Verlag, 2004, ISBN 3936484406
«Nei loro interventi, gli autori dimostrano come, esaminando i testi biblici e la patristica, non sia assolutamente possibile sostenere sic et simpliciter una “misericordia” fallace e tale da offrire il Corpo Santo di Cristo a peccatori pertinaci. La Chiesa sostiene il peccatore, ma denuncia il peccato e cerca di salvare anime invitando il peccatore a non peccare più. proprio come Gesù insegnò con immensa misericordia all’adultera.»
^La speranza della famiglia, su ilportaledellafamiglia.org, Roma, 29 luglio 2014. URL consultato il 27 ottobre 2018 (archiviato dall'url originale il 27 ottobre 2018).
«Si è portati per natura a costruire rapporti fecondi e durevoli perché siamo creati a immagine e somiglianza di un Dio che è Padre fedele nel tempo.»