Da un più antico insediamento fenicio, utilizzato per un certo periodo anche dai Greci, l'oppidum di Ossonoba si sviluppò in epoca romana. Grazie al suo porto e alla vicinanza a ricche zone di pesca, divenne un importante centro commerciale per il vino, l'olio e i prodotti della lavorazione del pesce, soprattutto il garum, ricercato in tutto il mondo antico, ma anche il pesce stagionato. Ossonoba era già annoverata tra i grandi oppida della Penisola Iberica da Strabone nel I secolo a.C. e da Plinio nella sua Naturalis historia nel I secolo d.C.. Nel 418, i Visigoti marciarono vittoriosi su Faro e chiamarono la città "Santa Maria". Alla fine del VI secolo, Faro appartenne per breve tempo alla provincia romana orientale della Spania. Nel 713, la città fu conquistata dagli Arabi/Moreschi e ribattezzata al-Uqshunuba o Shantamariyyat al-Gharb. È stato tramandato anche il toponimo Hárune, da cui deriva il nome attuale. Bakr Ben Yahia fondò una dinastia che governò un principato in Algarve dall'875 al 931 da Faro, che fortificò. All'inizio dell'XI secolo, qui si stabilì la Taifa di Santa María del Algarve, con Faro come capitale. Nel 1217, i crociati saccheggiarono la città durante la Reconquista. Dopo aver tagliato fuori Faro dal suo entroterra, la conquistarono sotto il re portoghese Alfonso III nel 1249. Grazie alla tipografia della comunità ebraica, i primi libri stampati in Portogallo apparvero a Faro nel XV secolo. Solo nel 1540 Faro ottenne i diritti di città; nel 1577 la sede vescovile fu trasferita da Silves a Faro. Robert Devereux, conte di Essex, fece saccheggiare la città dalla sua forza di 3.000 uomini durante la campagna contro la spagnola Cadice nel luglio 1596. Solo le chiese della Misericórdia e di São Pedro rimasero indenni. La preziosa biblioteca vescovile fu portata a Oxford come arte saccheggiata. Nel 1722 e nel 1755, i terremoti dell'Algarve devastarono anche Faro. A seguito dell'ultimo terremoto, nel 1756 la sede del governo del Regno dell'Algarve fu spostata da Lagos alla meno devastata Faro. Fu di nuovo ricostruita e dotata di nuovi eleganti edifici grazie all'impegno del vescovo Francisco Gomes do Avelar (1739-1816). Nel 1808, le truppe napoleoniche presero Faro sotto il comando del generale Junot; tuttavia, una rivolta portò alla loro espulsione. Dal 1979 Faro ha una propria università.
Monumenti e luoghi d'interesse
Paço Episcopal (palazzo vescovile)
La Cidade Velha (città vecchia) è interna alla cerchia muraria araba medioevale coperta in buona parte da edifici.
Al centro c'è la Cattedrale di Faro, cattedrale su un sito che è stato, in successione temporale, sede di un tempio romano, di una chiesa visigota, di una moschea. La chiesa in origine di stile romanico-gotico del 1251 è stata più volte modificata e del complesso originario resta oggi solo la torre-portico della facciata mentre l'interno è un misto di diversi stili.
Oltre alla cattedrale nel centro storico, ben conservato, si trovano il Paço Episcopal, palazzo vescovile del secolo XVIII con patio e interni con azulejos interessanti, i resti di mura neolitiche rifatte dagli Arabi e forate dalle porte medioevali la chiesa di Nossa Senhora de Assunção del secolo XVI oggi sede del Museu Arqueológico e Lapidar Do Infante Dom Henrique che raccoglie reperti preistorici e romani e oggetti di artigianato locale.
A est della città vecchia sorge la chiesa gotica dedicata a San Francesco, nei quartieri moderni si trova il Museu Etnográfico Regional e la Nossa Senhora do Carmo grande chiesa del 1712, accanto alla quale c'è la piccola "Capela dos Ossos" con i muri esterni rivestiti di crani umani. Sopraelevata rispetto alla città con ampio panorama è São António do Alto semplice cappella gotica costruita al posto di una vecchia torre di avvistamento che ospita il Museu Antonino con una documentazione iconografica della vita del Santo.
Nei dintorni a 11 km è l'antica Ossonoba romana distrutta dal terremoto del 1755 e scoperta alla fine dell'Ottocento, che presenta i resti delle mura, delle terme, numerose colonne e mosaici.
La zona lagunosa fra Faro e il mare, che si estende lungo la costa del Sotavento, è parte del Parque natural da Ria Formosa, parco naturale di 14.800 ha. del sistema lagunare che comprende una successione di lunghe e strette isole sabbiose parallele alla linea della costa, con canali, isolotti, paludi, banchi di sabbia. La zona è caratterizzata da una particolare vegetazione e una fauna.
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