Nel 1966 il cardinale Giovanni Colombo decise di trasferire la facoltà teologica a Milano, rinominandola "Facoltà teologica interregionale".
Nell'anno accademico1967-68 ebbero inizio le lezioni del primo ciclo di specializzazione; nell'anno accademico 1968-69 ebbero inizio le lezioni del ciclo istituzionale; infine nell'anno accademico 1973-74 ebbero inizio le lezioni del secondo ciclo di specializzazione.
Nel 2017 la Prefettura di Milano ha iscritto al n. 149 del Registro delle Persone Giuridiche il nuovo Statuto adottato dall’Arcivescovo di Milano, Card. Angelo Scola.[2]
A completamento dell'offerta formativa della sede principale sono state attivate negli anni alcune sezioni parallele presso i seminari di Torino, Genova e Milano, che offrono corsi di laurea e titoli accademici completamente equivalenti a quelli della sede centrale per quanto riguarda il Ciclo Istituzionale.[3] La specializzazione in teologia morale con indirizzo sociale è invece offerta solo nella sezione parallela di Torino; dura due anni e si conclude con la licenza in teologia.[4]
Gran cancellieri
Il vescovo della città in cui si trova la sede principale è considerato Gran cancelliere e, ad eccezione del cardinal Colombo che ha eretto la Facoltà, il loro mandato coincide con quello proprio del vescovo.[5] Di seguito l'elenco dalla fondazione ad oggi:
