La Coppa d'Estonia2012-2013 (in estoneEesti Karikas) è stata la 21ª edizione del torneo. La competizione è iniziata il 5 giugno 2012 ed è terminata il 18 maggio 2013. Il Flora Tallinn ha vinto il trofeo per la sesta volta.
Formula del torneo
Gli accoppiamenti, così come il turno di ingresso nel torneo, sono sorteggiati in modo totalmente casuale e non ci sono teste di serie.
3 al secondo turno: Keila, Nõmme United, Paide Kumake.
38 squadre di III Liiga 2012
33 al primo turno: Ajax Lasnamäe II, Akhtamar, Atli Rapla, Balteco, Dünamo Rummu, Eesti Koondis, EMÜ, Eston Villa, Hell Hunt, Järva-Jaani, Joker Raasiku, Kaitseliit/Kalev II, Kalev Tallinn III, Kärdla, Kernu Kadakas, Keskerakond, Kose, Loo, Metropool Pärnu, Navi, Noorus-96 Jõgeva, Olympic Tallinn, Otepää, Piraaja Tallinn, Quattromed, Rada Kuusalu, Saaremaa Aameraas, Saue Laagri, Suure-Jaani United, Tääksi, Ülikool Tallinn, Visadus, Võru.
5 al secondo turno: Koeru, Lootos Põlva, Saaremaa JK, Warrior Valga, Welco Tartu.
33 squadre di IV Liiga 2012
29 al primo turno: Ambla, Aspen Vastseliina, Eestimaa Kasakad, FC Lelle, Haiba, Igiliikur Viimsi, Imavere/Forss, Jalgpallihaigla, Kalev Tallinn Juunior, Kalju Nõmme III, Kiiu, Kristiine, Leisi, Levadia Tallinn 3, Lihula, Löök Tartu, Maccabi Tallinn, Pirita Reliikvia, Pokkeriprod, PSK Alexela, Reaal Tallinn, Saku Sporting, Soccernet, Suema/Cargobus, Tabasalu, Tartu Ülikool Fauna, Toompea 1994, Trummi, Twister.
4 al secondo turno: Pubi Trehv, Quattromed II, Taebla, Viimsi.
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