La Coppa d'Estonia 2000-2001 (in estone Eesti Karikas) è stata la 9ª edizione del torneo dopo l'indipendenza dell'Estonia. Il Trans Narva ha vinto il trofeo per la prima volta nella sua storia.
Sono noti solo i risultati dai quarti di finale.
La finale fu giocata in gara unica a Valga.
Le gare di andata furono disputate l'11 aprile 2001, quelle di ritorno il 21 e il 22 aprile 2001.
Le gare di andata furono disputate il 2 maggio 2001, quelle di ritorno il 16 maggio 2001.
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