La Coppa d'Estonia1996-1997 (in estoneEesti Karikas) è stata la 5ª edizione del torneo dopo l'indipendenza dell'Estonia. Il Sadam Tallinn ha vinto il trofeo per la seconda volta nella sua storia, confermando il titolo della precedente edizione.
Formula
Non sono noti i risultati di tutti gli incontri; nei quarti di finale e nelle semifinali si giocarono gare di andata e ritorno. La finale fu disputata in gara unica.