La Coppa Svizzera 2012-2013 è stata l'88ª edizione della manifestazione calcistica. È iniziata il 28 luglio 2012 ed è terminata il 20 maggio 2013.
La finale si è giocata per il secondo anno consecutivo allo Stade de Suisse di Berna. La coppa è stata vinta dal Grasshoppers, che ha sconfitto il Basilea in finale ai tiri di rigore. Si tratta della 19ª vittoria delle cavallette, la prima dal 1994.
Le 10 squadre di Super League e 9 della Challenge League (il Vaduz non ha il diritto di partecipare poiché partecipa già alla Coppa del Liechtenstein) sono qualificate direttamente per il tabellone principale. A queste società se ne aggiungono 45 provenienti dalle serie inferiori, qualificate attraverso delle eliminatorie regionali.
I club della Super League e della Challenge League sono teste di serie e non possono dunque incontrarsi. Le squadre delle leghe inferiori giocano in casa.
La finale si è disputata per il secondo anno consecutivo in gara unica allo Stade de Suisse di Berna. L'incontro è stato giocato il 20 maggio 2013. Il Grasshoppers conquista la sua 19ª Coppa Svizzera, tornando a vincere a distanza di 19 anni.