Nella stagione 1960-1961 il Messina disputa il quattordicesimo campionato di Serie B della sua storia. un torneo a 20 squadre che prevede tre promozioni e tre retrocessioni, con 41 punti in classifica si piazza in sesta posizione. Sono promossi in Serie A il Venezia con 50 punti, l'Ozo Mantova con 49 punti ed il Palermo con 46 punti. Retrocedono la Triestina dopo spareggio con il Novara, il Foggia ed il Marzotto Valdagno.
Il Messina dell'allenatore Bruno Arcari disputa un campionato cadetto di eccellenza, sempre in lotta per la promozione, con un cedimento nel finale che compromette il sogno a lungo accarezzato. Miglior marcatore dei giallorossi Achille Fraschini con 12 reti, sugli scudi anche l'ala sinistra Nicola Ciccolo autore di 9 reti ed il centrocampista con il vizio del goal Graziano Landoni con 8 reti. In Coppa Italia il Messina supera i primi due turni eliminatori, battendo il Palermo al primo turno (2-0), il Catania al secondo turno (1-2), ma trovando l'eliminazione negli Ottavi di Finale, superata in casa (0-2) dalla Fiorentina.