1997 márciusában a szintén angol élvonalbeli Everton szerződtette le 4,5 millió fontért, de a szezon végéig a West Ham-nél maradt. 1997 augusztusában csatlakozott az Evertonhoz, ahol sok mérkőzést hagyott ki eltiltás miatt.
Úgy tűnt, karrierje az Evertonnál véget ér, majd 1998-ban meglepetésként válogatottjával bronzérmet szerzett a világbajnokságon. Az Everton után egy évre még visszatért legelső klubjához, a Hajduk Splithez, majd 2001-ben visszavonult.
2008. április 30-án kétéves szerződéshosszabbítást írt alá a válogatottnál. Az új szerződés értelmében 1,2 millió kuna a fizetése egy évben, és egészen a 2010-es világbajnokságig ő tölti be ezt a posztot.[2]
A 2012-es Európa-bajnokság után távozott a válogatott éléről, majd az orosz FK Lokomotyiv Moszkva vezetőedzője lett. 2013-ban a török Beşiktaş JK-hoz szerződött.
2015 és 2017 között a West Ham United vezetőedzője volt. 2018 őszén a szaúdi ál-Ittihád vezetőedzője lett.[3] 2019 februárjában menesztették a klubtól.[4]
Bilić folyékonyan beszél németül, angolul és olaszul. Jogi végzettsége van. Elvált, van egy 11 éves fia, Leo, és egy 4 éves lánya Alani. Gitáron játszik a horvát Rawbau együttesben.[5]2008-ban ők szerezték a horvát válogatott Eb-"himnuszát", a "Vatreno Ludilo" ("Lángoló őrület") nevezetű dalt.[6]