1988. november 24-én alakított kormányt, mely 1990. május 23-áig volt hivatalban. A Németh-kormány már programjában felvállalta a „szocialista jogállam” megteremtését. Az MSZMP átalakításáig a reformszárny az európai baloldalhoz hasonló irányultságú pártot alakított ki. Az MSZMP 1989 elejéig a „szocialista pluralizmus” talaján állt, ami nagyjából azt jelenti, hogy a szocializmus reformjával és az elméletben elismert többpártrendszerrel a szocialista demokrácia létrehozható és fenntartható. A versenyhelyzetet nem kedvelték, a társadalomba való állami beavatkozást továbbra is szükségesnek tartották. Februárban azonban már egyszerűen tudomásul vették a többpártrendszert – február 20–21-én született a rövid távú program, amelyben az alkotmányos többpártrendszer bevezetésének szándékát deklarálták. Választási program még sokáig nem volt, csak október 9-én álltak elő egy programnyilatkozattal, amely a demokratikus szocializmust emlegeti, vegyes tulajdonviszonyú piacgazdaságot ígér. A közvélemény azonban az őszi pártkongresszustól már nem a párt ügyeinek rendezését, hanem az ország helyzetének kezelését várta.
A Németh-kormány idején fogadta el az országgyűlés a rendszerváltáshoz elengedhetetlenül szükséges törvényeket, melyek biztosították a békés és lehetőség szerint zökkenőmentes átmenetet. Nagy Imre és társai újratemetését követően, július 14-ei nyilatkozatában kegyelettel emlékezett meg Nagy Imréről és az 1956-os forradalom valamennyi áldozatáról.
Noha a frissen alakult MSZP elnökségébe is beválasztották, gazdasági programját a párt egyik platformja, a Vass Csaba által vezetett Haza és Haladás Platform elutasította, emiatt Németh kilépett az MSZP elnökségéből.[1]
Az 1990-es választásokon függetlenként indult, és (az egykori pártfunkcionáriusok közül Szűrös Mátyás mellett) egyedül ő volt képes választási körzetében (Szerencs) parlamenti mandátumot nyerni. 1991-ig független képviselőként politizált tovább az Országgyűlésben.
További pályafutása
1991-ben az Európai Újjáépítési és Fejlesztési Bank (EBRD) egyik alelnöki székét kínálták fel neki. Az állást elfogadta, aminek érdekében lemondott mandátumáról és távozott a magyar politikai közéletből.
Neve az 1994-es, a 2002-es, illetve legutóbb a 2010-es választások kapcsán is felmerült[2] mint lehetséges MSZP-s miniszterelnök-jelölt, ám a konkrét jelölésig, vagy ennek közelébe eddig még egyszer sem jutott el.
2014-ben a 1989 – Poker am Todeszaun című rendszerváltásról szóló dokumentumfilm berlini bemutatóján nyilvánosan kért elnézést a rendszerváltás előtti utolsó magyar–osztrák határon lelőtt ember feleségétől. Gundula Schafitel élettársával, Kurt-Werner Schulzcal együtt 1989. augusztus 21-én éjjel akart átkelni a határon, ám egy magyar határőr – Németh korábban elrendelt tűzparancstilalma ellenére – lelőtte a férfit.[3]
Művei
Időszerű gazdaságpolitikai kérdések; Reform, Budapest, 1988
Helmut Kohl: Németország egységét akartam; szerkesztő: Kai Diekmann, Ralf Georg Reuth, előszó: Németh Miklós, németről fordította: Striker Judit; Zrínyi, Budapest, 1998