2021. Czerny-t a Zayed Award for Human Fraternity (Zayed-díj az emberi testvériségért) zsűrijének egyik tagjává nevezték ki 2021 júniusában.
2021 decemberében Ferenc pápa elfogadja Peter Tuckson lemondását Ghánában, Michel Czerny váltja fel Ghánában az Interim-re. Ad interim (ideiglenes prefektusi) státusza megszűnt, és 5 évre szóló prefektusi kinevezést kapott 2022. április 23-án.[3]
2022. Ukrajna orosz invázióját követően, márciusban Ferenc pápa Michael Czerny bíborost küldte humanitárius segítséggel Ukrajnába Konrad Krajewski bíborossal, a pápai alamizsnahivatal vezetőjével együtt.[7] Ez, a több utazást is magába foglaló küldetés[8][9] a vatikáni diplomácia rendkívül szokatlan lépésének számított.[10]