Bonaparte tábornok1796–1797-es itáliai hadjárata az első koalíció széteséséhez vezetett. Bonaparte a francia forradalmi eszmék jegyében saját képére formálta az elfoglalt területek államformáját, a Francia Köztársaság csatlós köztársaságaivá (république sœur) alakítva őket. A luccai nemesi köztársaság ekkor még semleges tudott maradni, a Nápolyi Királyság ellen 1799-ben indított francia hadjárat során azonban megszállás alá került. A franciák kikiáltották a luccai plebejus köztársaságot, megszüntették a nemesi címeket és előjogokat. A következő években a város többször gazdát cserélt, de 1802. január 1-jén a győztes franciák ismét kikiáltották a Luccai Köztársaságot, amelynek fennmaradását a megszálló haderő már hatékonyan biztosítani tudta.
A Francia Császárság csatlósa
1804-ben a Francia Köztársaság császársággá alakult. Ezt a mélyreható változást is exportálták az itáliai csatlós államokba. 1805 márciusában az Itáliai Köztársaságból megalakult az Itáliai Királyság, májusban I. Napóleon császár Monzában Itália királyává koronáztatta magát. A császár a tőle függő helyzetben lévő Luccai Köztársaság lakosaitól is „elvárta”, hogy alkalmazkodjanak a politikai helyzet változásához, és monarchisztikus államformát „kívánjanak” maguknak. A császár már 1805 márciusában felruházta húgát, Élisa Bonaparte császári hercegnőt a Lucca és Piombino hercegnője címmel.
Egy szélsebesen megszervezett és jól irányított népszavazás eredményeként egy korzikai nemesember, Felice Pasquale Bacciocchi (1762–1841), Élisa Bonaparte férje, Napóleon veje lett az állam feje, aki I. Félix néven rövid időre Lucca és Piombino hercege lett. 1805. június 27-én a köztársaság kormányzatát feloszlatták, és kihirdették az újdonsült Luccai Hercegség monarchisztikus alkotmányát. A valódi kormányzati hatalom a császár húgának kezében volt, Félix herceg még 1805-ben elvált tőle, visszavonult a politikai élettől és Rómába költözött.
A középkori nemesi köztársaság eredeti zászlaja fehér-piros volt. 1805–ben a Luccai Hercegség új zászlajának a vízszintesen osztott vörös-sárga sávokat választották. 1818–1847 között a hercegi zászló fehérré változott volt, az uralkodó hercegi ház címerével kiegészítve: 1818–1824 között a spanyol Bourbon-házi Mária Lujza Jozefa spanyol infánsnő családi címerével, 1824–1847 között a parmai Bourbonok címerével. A fehér zászló felső sarkába felvették a hercegség eredeti zászlajának vörös-sárga színeit is. (Lásd [1]).