Szepes vármegyeiszász családban született, eredeti neve Johann Hunsdorfer. Tanulmányait Késmárkon, Miskolcon és Eperjesen végezte, majd Berlinben és Tübingenben járt egyetemre. 1846-ban a statisztika és történelem tanára lett a késmárki líceumban, de a szabadságharcban való részvétele miatt állásától megfosztották és börtönbe zárták. Onnan kiszabadulva Pestre költözött, s mint nevelő és író kereste kenyerét, így például szerkesztette Greguss Ágosttal a Család Lapját; míg 1866-ban Pálffy Móric felszólítására a királyi József műegyetem tanára lett; 1870-ben a Pesti Egyetemen (az Eötvös Loránd Tudományegyetem elődje) alapított földrajzi tanszékre nevezték ki, melyet haláláig nagy buzgalommal töltött be. Időközben többször utazott külföldön, a magyar kormány küldötteként részt vett a Hágában, Szentpéterváron, Párizsban, Londonban, Velencében és Rómában tartott nemzetközi statisztikai és földrajzi kongresszusokon, valamint a világkiállításokon is. Itthon tevékeny részt vett a Magyar Földrajzi Társaság működésében, melynek 1872-es megalapításától kezdve elnöke volt, továbbá a Magyar Tudományos Akadémián, a közoktatásügyi tanácsban és a fővárosi képviselő-testületben. Nagy érdemeiért számos tudós társaság választotta tiszteleti tagjává s több érdemrendet kapott s a főváros már életében Hunfalvy utcának keresztelte el azt az utcát, ahol lakóháza állt. Rokonszenves egyéniségén kívül körülbelül 50 kötetre tehető munkáinak s tömérdek értekezéseinek száma, melyek nagy hírnevet szereztek számára, s ennek köszönhetően minden körben vezéralaknak tartották.
Ezenkívül írt számos tankönyvet, röpiratot, valamint szerkesztette Keleti Károllyal az Akadémia nemzetgazdasági és statisztikai közleményeit. Ő bocsátotta közzé és adta ki németül is Magyar Lászlóafrikai útleírásait, akit az utazásai alatt folyton támogatott és buzdított.
Végső nyugalomra a Németvölgyi temetőben lévő családi sírboltba helyezték,[2] amelyet folyamatosan koszorúztak a Hunfalvy János felsőkereskedelmi iskola diákjai. Az 1960-as évek elején az akkor Kerepesi úti temetőbe a 9/2. és a 34/2. számú parcellába átkerült néhány sír a Németvölgyi temetőből,[3] így a Hunfalvy család sírja is.
↑Ez az utóbbi mű 5 kötetre volt tervezve és a tudományos földrajz kézikönyve lett volna, de csak az Európára vonatkozó rész készült el. A második, Magyarországot tárgyaló kötet 56 ívre rúg. A sorozat befejezésében halála gátolta meg.
↑Felirata: Itt tanult és működött a két jelentős tudós testvér Hunfalvy Pál (Paul Hunsdrofer) (1810–1891) etnográfus és Hunfalvy János (Johann Hunsdorfer) (1820–1888) geográfus