Az Aggteleki Nemzeti Parkot ugyan elsősorban az élettelen természeti értékek védelmére hozták létre, de megalakítása működési területe (az Aggteleki-karszt és a Szalonnai-karszt) élővilágának megismerését is jelentősen elősegítette. Főleg a gerinces fauna, azon belül különösen egyes, ritka madarak és a nagyragadozók védelmére fordítanak jelentős figyelmet.
Halak
A hegységben és az azt határoló völgyekben idáig több mint negyven halfajt azonosítottak, azaz a Magyarországon ismert halak több mint felét. E fajok közül 13 védett.
1. Főleg a patakok felső szakaszán, a forrásokhoz fordul elő:
kövi csík(Barbatula barbatula, Noemacheilus barbatulus vagy Orthrias barbatulus),
A két pisztrángfajt úgy telepítették be a patakokba, és ott elszaporodva erősen visszaszorították az őshonos halfajokat, ezért további telepítésüket nem tartják kívánatosnak.
Csak kora tavasszal, ívás idején keresi fel a forrásrégiót a körszájúak közé tartozó tiszai ingola(Eudontomyzon danfordi)
2. A patakok középső szakaszán helyenként tömegesen él:
A 90-es években különösen intenzívvé vált horgászat és a változatos helyi halfogó módszerek eredményeként teljesen eltűntek a nagy testű (főképp ragadozó) halak:
nagyon vízigényesek, ezért a téli időszak kivételével többnyire a különböző vizekben találjuk őket.
Más fajok csak tavasszal, a párzás és peterakás idején keresnek maguknak vizet, egyébként leginkább a szárazföldön, bár többnyire nedves, páradús környezetben élnek. Főbb (eltérő rendszertani szintű) csoportjaik:
2. A varangyfélék(Bufonidae) gyakran fordulnak elő a falvakban, ahol az éjjeli világítás fényeire gyűlő rovarokra vadásznak.
3. A levelibéka-félék(Hylidae) leggyakoribb faja a zöld levelibéka(Hyla arborea), amely főleg az állóvizek (a tócsáktól a mesterséges tavakig) közelében gyakori.
Hüllők
A 15 hazai hüllőfajból a karszton kilencet figyeltek meg.
Gyakorlatilag minden árokparton, kaszált vagy legeltetett, tehát rövid füvű gyepen tömegesen él legközönségesebb hüllőnk, a fürge gyík(Lacerta agilis).
zöld gyík(Lacerta viridis) – akár fél méteresre is megnőhet.
Csak a Baradla-tetőről, a Nagyoldalról és a közeli Alsóhegyről ismert az apró, alig 10 cm-re növő magyar gyík(Ablepharus pannonicus).
Madarak
A közel 370 magyarországi madárfajból hozzávetőleg kétszázat figyeltek meg a hegységben, illetve a Jósva és a Bódva völgyében. Ezek közül mintegy 130 faj fészkelése legalábbis erősen valószínű. Egyebek közt itt él Magyarország legnagyobb és legstabilabb császármadár(Bonasa bonasia vagy Tetrastes bonasia) állománya (mintegy 50–60 pár). A hegység legjelentősebb madárritkasága a parlagi sas(Aquila heliaca).
A nyírfajd(Tetrao tetrix vagy Lyrurus tetrix) az 1940-es, években költött itt utoljára.
Vizes, nedves élőhelyek madarai
A fokozottan védett vízirigó (Cinclus cinclus, kevesebb mint tíz fészkelő pár) a bővizű patakok felső folyásain, a meder fenekéről csipegeti táplálékát (főként felemáslábú rákokat és tegzeslárvákat).
Hasonló, zárt patakvölgyekben él a hegyi billegető – (Motacilla cinerea) mintegy tizenöt párnyi állománya stabilnak tűnik.
A Jósva alsó folyása, valamint a Bódva leszakadó partfalaiban költ néhány pár jégmadár(Alcedo atthis). Tavasszal és ősz elején számos rokonuk vonul át a területen; néhány Jósvafőn, a Tengerszem-tó mellett telel át.
Főként a nádas, gyékényes tavakon, elvétve a folyóvizek mellett költ:
Valószínűleg a Bódva kavicszátonyain fészkel a billegetőcankó(Actitis hypoleucos).
Elsősorban a nagy patakvölgyek bokortársulásaiban él a berki tücsökmadár(Locustella fluviatilis), aminek helyét a szárazodás, a növényzet átalakulása miatt egyre inkább a réti tücsökmadár(Locustella naevia) veszi át.
Bükkösök madarai
A korosabb bükkösökben fészkel:
fehérhátú fakopáncs(Dendrocopos leucotos) – fokozottan védett, alig néhány pár,
barátcinege(Parus palustris) – e két faj hibridizálódik is.
Fenyvesek madarai
A fenyveseket (főleg feketefenyőt) az 1960-as években telepítették a meredek déli oldalak sziklás, bokorerdős részeire. Ez az intézkedés erdészeti szempontból hibásnak bizonyult, de a fenyvesek számos madárfajnak nyújtanak kiváló fészkelési lehetőséget.
királyka(Regulus regulus) – Európa egyik legkisebb madara. Rokona, a tüzesfejű királyka(Regulus ignicapillus vagy Regulus ignicapilla) leginkább csak átvonulóban fordul elő.
A ragadozó madarak közül főleg a fenyvesekben fészkel:
A kígyászölyvhöz hasonlóan főleg ürgével táplálkozik a kerecsensólyom(Falco cherrug), ez azonban az 1980-as években költött utoljára a karszton. A kuvik(Athene noctua) csak a karszt felvidéki részén költ; a határ magyar oldalán csak télen bukkan fel.
A fenyvesek bokros tisztásain és a völgyekben költ:
A legnagyobb hazai bagolyféle, az uhu az 1980-as években tűnt el a karszt magyarországi részéről, de mivel a szlovák részen örvendetesen szaporodik, várható, hogy hozzánk is visszatér.
A tölgyesek (melegkedvelő tölgyes, cseres-tölgyes) madarai
Magyarország utolsó fajdféléje a császármadár(Bonasa bonasia vagy Tetrastes bonasia). Ennek legnagyobb és legstabilabb állománya (mintegy 50–60 pár) leginkább a dús cserjeszintű tölgyesekben fészkel, de nem annyira az erdő típusához, mint inkább annak változatosságához ragaszkodik. Földön fészkelő madár lévén felszaporodását főleg a vaddisznók gátolják. A 20. század elején még a nyírfajd is élt errefelé, de az 1940-es években kipusztult.
Erdőszéli bokortársulások madarai
A nagyobb gyepes tisztásokat is tartalmazó erdőszéli bokortársulásokban nemcsak az erdőben élő énekesmadarakat találjuk meg, de ezekhez további fajok is csatlakoznak:
nagy fülemüle(Luscinia luscinia) – nem költ, csak átvonul,
Karsztbokorerdők madarai
A két növénytársulás hasonlósága okán a mozaikosan sztyepprétekkel váltakozó karsztbokorerdőkben jórészt azok a fajok fordulnak elő, mint a gyepes bokortársulásokban. Más növénytársulásokban is elterjedt fajok:
A barlangok miatt a hegység legismertebb emlősei a denevérek, de a területen számos rovarevő, rágcsáló és kisragadozó is él. A nagyragadozók közül a szürke farkas(Canis lupus) az 1980-as évek közepén, az eurázsiai hiúz(Lynx lynx) az 1990-es évek elején települt vissza. Medvék szórványosan át- átlátogatnak a Felvidékről, de 2008-ig még nem telepedtek meg.
Ugyanezeken a helyeken él a vízipocok(Arvicola amphibius), míg a 20. század elején, Amerikából betelepített pézsmapocok(Ondatra zibethicus) jóformán minden víz mentén megtalálható.
A Bódva völgyében (főleg a holtágak mentén) a 20. század közepén még rendszeresen előfordult az európai vidra(Lutra lutra).
Erdei kisemlősök
A hűvösebb erdők (fenyves, bükkös, gyertyános) talajszintjén élő, bár telente gyakran a falvakba húzódó rovarevők:
A kerti pele(Eliomys quercinus) egyetlen, Magyarországról ismert maradványa a Nagyoldali-zsombolyból, egy bagolyköpetből került elő.
A különféle pelék télire (a nagy pele nem ritkán egész évre) gyakran beköltöznek a falvakba, házakba.
Valóban a lombkoronaszint lakói a mókusok, (Sciurus vulgaris).
Kisragadozók
A lombos erdőkben leginkább a ragadozó madarak fészkeibe költözik be a nyuszt(Martes martes). A legtöbb nyest(Martes foina) már beköltözött a falvakba, és a padlásokról, templomtornyokból jórészt kiszorította a baglyokat és a denevéreket is.
Főleg az erdőszéleken él a keleti sün(Erinaceus concolor).
Leginkább a kisebb-nagyobb tisztásokon fordul elő a törpeegér(Micromys minutus).
A mezei nyúl(Lepus europaeus) állománya kicsi, de stabil.
A közönséges ürge(Spermophilus citellus) többnyire a legeltetett, rövid füvű gyepeken ássa üregeit. Magyarországon védett faj, mert ez a kerecsensólyom(Falco cherrug) legfőbb és a parlagi sas(Aquila heliaca) szinte kizárólagos tápláléka.
Denevérek
Nyáridőn a nappalt még a barlangban telelő denevérek is jobbára fák odvában, illetve emberi építményekben töltik, így számos faj fennmaradása attól függ, megmaradnak-e az öreg erdők odvas fái. A karszton a 28 európai denevérfajból 21 megtalálható. Fontosabb fajok:
A vaddisznó- és a gímszarvasállomány is jóval nagyobb a terület természetes eltartó képességénél; a betelepített muflonok számát a nagyragadozók egyenletes szinten tartják.
Nagyragadozók
A vadászat, a mező- és erdőgazdálkodás hatására a karsztról valamennyi, őshonos nagyragadozó kipusztult, a szervezett természetvédelem kezdete óta azonban elkezdtek visszatelepülni. A legnagyobb fennmaradt ragadozó a vörös róka(Vulpes vulpes). A vadmacska(Felis silvestris) főleg amiatt van veszélyben, hogy könnyen kereszteződik a házi macskával(Felis silvestris catus).
A farkas(Canis lupus) az 1980-as évek közepe óta állandó lakó.
A hiúz(Lynx lynx) az 1990-es évek elején telepedett meg újra.
A barna medve(Ursus arctos) 2008-ig alkalmi látogató maradt.