Egy Penny nevű kislányt valamikor elrabolt a gonosz Miss Medúza egy New York-i árvaházból és egy mocsárban félig elsüllyedt lapátkerekes gőzhajón tartja fogva. Medúza arra kényszeríti a kislányt, hogy egy rég meghalt kalóz barlangjába leereszkedjen és onnan drágaköveket hozzon fel neki. Már sok ilyen értékes kő a birtokába került és a kislány nem akar többet lemenni a sötét lyukba, amit időről-időre elönt a tengervíz, ezért az ott tartózkodás életveszélyes. Medúza azonban az „Ördög szeme” nevű gyémántot akarja, amit a kislány sehol sem talál. Az emberi bűnüldözők nem bukkantak a lány nyomára, de Penny üvegpalackba rejtett segélykérése eljut a nemzetközi egér segélyszervezethez, aminek székhelye az ENSZ épületében van. Két rettenthetetlen egér – Bernard és Miss Bianca – felkerekedik, és egy öreg macska, Rufusz tippjeit követve a kislányhoz vezető nyomra bukkannak: Medúza zálogüzletéhez. A rettenetes nő is éppen a helyszínre indul. A két egér titokban vele együtt indul el, de kiesnek a gyorsan haladó autóból. Egy albatrosz hátán repülve jutnak el a helyszínre. A kislányt nem egyszerű megmenteni, mert két idomított aligátor őrzi, amik már többször visszahozták a kislányt, amikor el akart menekülni. Amikor Medúza újból a gyémánt keresésére kényszeríti a kislányt, a két egér is vele megy, és észreveszik, hogy az egy koponya belsejébe van beszorulva. Nehezen, de kiszedik a gyémántot, majd a víz majdnem elsodorja őket. Medúza megkaparintja a követ, de nem engedi el a kislányt a macijával együtt, pedig megígérte neki.
A két egér és a kislány tervet készítenek: a két aligátort a hajó elromlott liftjébe csalják és ott bezárják őket, majd a Medúza által használt vízi robogóval elmenekülnek. Segítségükre van néhány apró állat, amik a mocsár szélén élnek és a két egér találkozott velük, amikor a sirályról leszálltak.
Mivel Medúza éppen a maciba rejtette a gyémántot, Penny a macival együtt magával viszi New Yorkba, ahol a gyémánt egy múzeumba kerül. Nemsokára két felnőtt jelentkezik, és örökbe fogadják a kislányt.
