יש החולקים על הזיהוי בינו לבין פוטיפר, כגון הרשב"ם[6].
רש"י מפרש כי היה שר העיר, ולא כהן דת[7], לעומת זאת הרשב"ם מפרש שהוא היה כומר[8].
ע"פ הרמב"ן היה בתחילה שר של פרעה, ולאחר שנסתרס, ידעו והכירו בכך בסביבתו ולכן התבייש ופרש מתפקידו והלך להיות כומר לעבודה זרה כלומר כהן לפולחן מצרי[9]. בפירוש ר' יעקב בן אשר על התורה הביא דעה לפיה פוטיפרע נהיה לאיש דת מצרי בכדי שיהיה במעמד מוגן מפני שפחד שיוסף שעלה לגדולה רמה, יתנקם בו[10].
יש שדרשו על פי שמו שהיה עובד את פולחן בעל פעור[11].
ייחוסה של אסנת
יש שדנו בשאלה כיצד התחתן יוסף עם אישה מבנות חם, וכיצד נחשבו בניו של יוסף כשרים כך שנכללו בברכת יעקב ובשבטי ישראל. שהרי כבר בדורם של אברהם ויצחק מציין המקרא שהקפידו על כך[12].
על פי התרגום הירושלמי לתורה[13] וכמה ממדרשי חז"ל, אסנת נולדה כתוצאה מאונס דינה בת לאה ויעקב ומשם התגלגלה אל מצרים ופוטיפר ואשתו[14] אימצו אותה, כך שעל פי טענה זאת אביה הוא שכם בן חמור ולא פוטי פרע ולמעשה היא קשורה למשפחת יעקב[15]. ומה שבמקרא כתוב אסנת בת פוטי פרע כהן און ולא אסנת בת שכם הוא ע"פ העיקרון ש”כל המגדל יתום בתוך ביתו נחשב כאילו ילדו”[16][17][18].
על בסיס ייחוסה של אסנת לפוטיפרע, יש מדרשים המתארים תופעת שוליים של ערעור סמכות ולזות שפתיים על פנחס בן אלעזר הכהן, לאור פעולתו הקיצונית לסיום חטא בעל פעור והמגפה בהריגת זמרי בן סלוא. באופן שבו מוציאי הלעז, מייחסים את מוצא אמו של פנחס לשבט יוסף תוך ניסיון להציגו כצאצא של גויים ובכך לשוות כביכול לפעולתו השפעה גזעית לשפיכות דמים. זאת מאחר שאביו אלעזר נשא לאישה מבנות פוטיאל[20][21] ושניים מהפירושים לזיהויו של פוטיאל מובילים ע"פ חז"ל אל יוסף או אל פוטיפרע: ”לפי שהיו השבטים מבזים אותו הראיתם בן פוטי זה שפיטם אבי אמו עגלים לעבודת אלילים והרג נשיא שבט מישראל...”[22][23]."
הדרשה המייחסת את פוטיאל לפוטיפרע מופיעה במדרש בראשית רבה:
"ויברך ה' את בית המצרי בגלל יוסף. כל העבדים חשודים על הגזל אבל זה, וילקט יוסף את כל הכסף. כל העבדים חשודים על הערווה, אבל זה, ולא שמע אליה. ...
ר' יהושע דסכנין בשם רבי לוי...
דאמר ר' יהושע בן קרחה: מבנות יוסף לקח אלעזר.
פוטיפר - הוא פוטיפרע.
פוטיפר - שהיה מפטם פרים לעבודה זרה.
פוטיפרע - שהיה פוער עצמו לעבודה זרה. כיון שירד הפר לשם נעשה פויטינון...".
ע"פ פירוש בעל הטור על התורה, פרעה בחר לחייב את פוטיפרע לחתן את בתו אסנת עם יוסף, בכדי שלא יוכל לערער על מעמדו של יוסף שהיה בעבר עבדו, מאחר שנהיה לחתן שלו[24]. ובדומה מפרש ר' ישעיה די טראני שיוסף בחר להתחתן עם אסנת בכדי שלא יהיה לפוטיפרע או לציבור פתחון פה לומר עליו לאחר מות פרעה שהוא למעשה עבד של פוטיפרע[25]. בכך רואים את השפעתו האפשרית של פוטיפרע גם לאחר שיוסף עלה לגדולה ונהיה לבכיר בממלכת מצרים.
על השפעת מעמדו של פוטיפרע ואנשיו ובכלל זה של צאצאיו ממנשה ואפרים ניתן לראות גם בפירוש על תחילת גזירות שעבוד מצרים, שבו המקרא מתאר אפשרות לפיה פרעה נזקק לרשות ושיתוף פעולה של בכירי ההנהגה להכלת גזירת השעבוד בהתחכמות במקום להורות לבדו על כך, וכן נמנע בשלב זה מגזירת הרג. יש המסבירים זאת מפני מעמדם של צאצאי פוטיפרע בממלכה[26].
^וכך הדבר גם בילד שיש לו הורים אבל הם אינם יכולים לספק לו את כל צרכיו הגופניים והנפשיים, בדומה למשה שנקרא בנה של בתיה בת פרעה למרות שהוריו היו חיים, ז - אימוץ ילדים - פניני הלכה, באתר פניני הלכה, 3 בundefined 2014
^ילקוט שמעוני וישב, רמז קמו, אוצר המדרשים (אייזנשטיין) עמוד תעד. ובמדרש שמואל (בובר) פרשה כח.
^הפירוש המקובל הוא שמדובר באחת מבנות יתרו אך ישנם שני פירושים אחרים ולפיהם מבנות פוטיאל הכוונה מהצאצאיות של... ובהתאם למדרש ופרשנות השם פוטיאל הולכים אף כמה דורות אחורה.
^מקור קשר הנישואין הוא בספרות חז"ל ולא מפורש בספר בראשית.
^הסבר זה הוא על פי הפשט ופירוש דעת מקרא, אולם על פי חז"ל הפלשתים נולדו מפתרוסים ומכסלוחים שהיו "מחליפין משכב נשותיהם אלו לאלו ויצאו מהם פלשתים". ברש"י י יד. ובבראשית רבה לז ה.
